nouvelles de l'entreprise Nouvelles données épidémiologiques sur le rotavirus porcin dans le sud-ouest de la Chine publiées ! Les génotypes G9/G4 deviennent dominants, et rec

Le 29 novembre 2025, l'équipe du professeur Yan Qigui du Collège de médecine vétérinaire de l'Université d'agriculture du Sichuan et l'Institut de recherche en agriculture et élevage de Juxing ont publié une nouvelle étude dans la revue internationale *Veterinary Sciences* sur les caractéristiques épidémiologiques moléculaires et l'isolement et l'identification du virus du rotavirus porcin (PoRV) dans le sud-ouest de la Chine.

Cette étude a systématiquement révélé les caractéristiques épidémiologiques, les changements génotypiques et la recombinaison inter-espèces du PoRV dans le sud-ouest de la Chine de 2024 à 2025, fournissant des preuves scientifiques cruciales pour la prévention et le contrôle de la diarrhée porcine et l'amélioration des vaccins.

Points forts de la recherche

* **Situation grave :** Le taux d'infection par le PoRV dans le sud-ouest de la Chine est aussi élevé que 57,14 %, dépassant de loin les autres régions de Chine (Guangdong 36,44 %, Guangxi 37,13 %), ce qui en fait le principal agent pathogène de la diarrhée virale chez les porcs dans la région.

* **Remaniement génotypique majeur :** Le génotype G5 traditionnellement dominant a été remplacé par G9 (35,71 %) et G4 (39,28 %), alors que les vaccins commerciaux actuels ne contiennent que le génotype G5, ce qui soulève des questions sur leur efficacité protectrice.

• Alerte de recombinaison inter-espèces : Une souche rare G1P[7] a été isolée pour la première fois dans le Sichuan. L'analyse génomique a confirmé que ses fragments géniques NSP2-NSP4 provenaient du rotavirus humain, posant un risque de transmission inter-espèces.

• Coexistence de multiples agents pathogènes : Le rotavirus du groupe C a été détecté dans 33,04 % des échantillons, et 7,14 % étaient des infections mixtes des groupes B et C, indiquant un niveau de complexité sans précédent dans l'épidémie.

Cette étude vise à étudier systématiquement la prévalence et les caractéristiques moléculaires du rotavirus porcin (PoV) dans les grandes exploitations porcines du sud-ouest de la Chine de 2024 à 2025, comblant ainsi une lacune de recherche dans ce domaine.

L'équipe de recherche a collecté 196 échantillons de diarrhée clinique provenant de 29 grandes exploitations porcines du sud-ouest de la Chine entre 2024 et 2025. En utilisant des techniques telles que la RT-qPCR, la RT-PCR, l'isolement viral, le séquençage du génome entier et l'analyse phylogénétique, ils ont mené une analyse approfondie de la prévalence, de la distribution des génotypes, des caractéristiques du génome entier et des relations évolutives génétiques du PoV.

Introduction

Le rotavirus porcin est l'un des principaux agents pathogènes responsables de la diarrhée aiguë chez les porcelets, entraînant souvent une co-infection avec d'autres agents pathogènes diarrhéiques et causant de graves pertes économiques. Dans le passé, il a reçu une attention insuffisante en raison de son faible taux de mortalité. Cependant, ces dernières années, sa prévalence a considérablement augmenté et ses génotypes sont devenus de plus en plus complexes, posant de nouveaux défis en matière de prévention et de contrôle.

En 2023, le taux de détection du rotavirus porcin dans les troupeaux de porcs de mon pays a dépassé celui du virus de la diarrhée épidémique porcine (PEDV) pour la première fois, devenant le « premier agent pathogène diarrhéique ». Le sud-ouest de mon pays, une importante région d'élevage de porcs, est particulièrement touché par l'épidémie, mais les données épidémiologiques moléculaires systématiques font défaut.

Résultats de la recherche

1. Détection d'échantillons et caractéristiques épidémiologiques :

De 2024 à 2025, l'équipe de recherche a collecté 196 échantillons de diarrhée (100 échantillons de tissus intestinaux et 96 échantillons fécaux) provenant de 29 grandes exploitations porcines du sud-ouest de la Chine. Les tests RT-qPCR ont révélé :

· Le taux de positivité global au PoRV était de 57,14 % (112/196), le groupe A (PoRVA) représentant la proportion la plus élevée (46,43 %), ce qui en fait le groupe dominant absolu ;

· Les taux de positivité pour les groupes B (PoRVB) et C (PoRVC) étaient respectivement de 10,71 % et 33,04 %, avec un taux d'infection mixte de 9,82 %, la combinaison PoRVB+PoRVC étant la plus courante (7,14 %).

Tableau 1. Taux de positivité dans différents groupes de PoRV.

2. Distribution des génotypes et analyse évolutive :

L'analyse de séquençage des gènes VP4 et VP7 dans 52 échantillons positifs au PoRVA a montré que :

· Les génotypes VP4 ont été classés en quatre génotypes P : P[13] (77,78 %), P[7] (14,81 %), P[6] (3,7 %) et P[23] (3,7 %), P[13] étant le génotype dominant absolu ;

Figure 1. Arbre ML du gène VP4 dans les échantillons PoRVA.

· Le gène VP7 a été classé en 6 génotypes G : G4 (39,28 %), G9 (35,71 %), G5 (10,71 %), G1 (7,14 %), G3 (3,57 %) et G11 (3,57 %) ;

· Les combinaisons G/P dominantes étaient G9P[13] et G4P[13] (chacune représentant 33,33 %), ce qui était significativement différent des G5P[7] et G3P[13] traditionnellement populaires.

Figure 2. Arbre ML du gène VP7 dans l'échantillon PoRVA.

3. Isolement viral et caractéristiques génomiques :

Une souche de PoRV (RVA/Porc-wt/SCLS-JW/2024/G1P [7]) a été isolée avec succès. Sa morphologie et son infectivité typiques du rotavirus ont été vérifiées par microscopie électronique à transmission et immunofluorescence indirecte (IFA) :

· La constellation génomique est G1-P [7]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1, et les gènes structuraux (VP1-VP4, VP6-VP7) sont hautement homologues aux souches porcines ;

Figure 3. Arbre phylogénétique des gènes VP1 à VP4, VP6 et VP7 dans l'isolat RVA/SCLS-JW/2024.

• Les gènes non structuraux NSP2-NSP4 présentent une similitude de 94 % à 98 % avec le rotavirus humain, ce qui confirme qu'il s'agit d'une souche recombinante humain-porcin ;

Figure 4. Arbre phylogénétique des gènes NSP1 à NSP5 dans l'isolat RVA/SCLS-JW/2024.

· Cette souche s'est bien répliquée dans les cellules MA104, atteignant un titre viral de 10⁶ TCID₅₀/mL après 24 heures, ce qui indique une forte capacité de réplication.

Figure 5. Résultats de l'isolement et de l'identification du virus.

Résumé

Cette étude a systématiquement révélé les dernières caractéristiques épidémiologiques du rotavirus porcin dans le sud-ouest de la Chine de 2024 à 2025, clarifiant que les génotypes G9 et G4 ont remplacé le G5 traditionnel en tant que souches dominantes en circulation, comblant ainsi une lacune dans les données épidémiologiques moléculaires récentes pour cette région.

Les résultats indiquent une inadéquation antigénique significative entre les souches vaccinales existantes et les souches en circulation, ce qui peut affecter l'efficacité de la protection immunitaire. Parallèlement, les souches recombinantes humain-porcin identifiées suggèrent un risque de transmission inter-espèces, soulignant l'importance d'une surveillance continue et de mises à jour des vaccins pour le contrôle de la diarrhée virale porcine.