berita perusahaan tentang Terobosan baru dalam penelitian evolusi PEDV. Analisis sistematis gen S dari 1109 strain di Cina.

Virus diare epidemi babi (PEDV) adalah patogen utama dalam industri babi global. Sebelum tahun 2010, vaksin CV777 memberantas strain klasik. Namun, setelah tahun 2010,wabah GII meletus di Cina (dengan tingkat kematian anak babi melebihi 90%)Kegagalan vaksin klasik mengungkapkan bahwa virus dapat melarikan diri dari kekebalan melalui drift antigenik atau rekombinasi, dan mekanisme spesifiknya masih belum dijelaskan.

Pada tanggal 2 Juli 2025, tim dari Northwest A&S University dan Lanzhou Veterinary Institute menerbitkan sebuah studi di jurnal BMC Vet Res berdasarkan 1.109 strain PEDV, mengungkapkan mutasi gen S,titik panas rekombinasi, dan variasi glikosilasi, memberikan dukungan kunci untuk pengembangan vaksin.

Hasilnya menunjukkan bahwa strain GII (87,38%) mendorong evolusi dan prevalensi PEDV melalui mutasi frekuensi tinggi di wilayah COE (seperti L521H), domain 0 hotspot rekombinasi,dan variasi glikosilasi N62/N118, meningkatkan pengikatan reseptor dan penghindaran imun.

Pengantar

Analisis gen S dari 1.109 strain PEDV di negara saya menunjukkan bahwa strain GII (dominan,dengan GIIa/b/c gabungan menyumbang lebih dari 85%) berevolusi melalui strategi ganda "pengikatan asam sialat dan penghindaran kekebalan." Titik panas rekombinasi mereka (domain D0) dan pola glikosilasi unik (situs N62/N118) mendorong transmisi lintas spesies,memberikan wawasan kunci untuk optimalisasi vaksin dan pencegahan dan pengendalian regional.

Hasil Penelitian

1. GII strain mendominasi

Sebuah pohon filogenetik menunjukkan bahwa strain PEDV di Cina termasuk dalam dua klades utama: GI (klasik) dan GII (varian), yang mencakup enam subtipe.Proporsi GIIa telah menurun sejak tahun 2014GIIb tetap stabil, dengan dua subtipe terakhir saat ini merupakan strain yang dominan.

Gambar 1. Analisis filogenetik dari urutan gen S dari 1099 isolate PEDV dalam penelitian ini.

Gla (kuning), Glb (cokelat), S-INDEL (ungu),

GIIa (merah), GIIb (biru), dan GIIc (hijau).

Gambar 2. Frekuensi relatif dari subtipe virus yang berbeda per tahun.

Gambar 3. Distribusi geografis PEDV di berbagai wilayah Cina

Provinsi dibagi menjadi tujuh wilayah berdasarkan jarak: Cina Utara, Cina Timur Laut, Cina Timur, Cina Tengah, Cina Selatan, Cina Barat Daya, dan Cina Barat Laut.

Kesimpulan: Analisis distribusi geografis menunjukkan bahwa provinsi Guangdong, Sichuan, dan Henan memiliki prevalensi PEDV tertinggi.

2. S Mutasi protein asam amino

Perbandingan epitop netralisasi dalam protein S dari berbagai strain mengungkapkan delapan mutasi umum dengan frekuensi tinggi di wilayah COE, termasuk L521H dan S523G,serta varian silang subtipe A517S. Daerah SS6 didominasi oleh mutasi Y766S. Strain GIIa memiliki sisipan kunci di posisi 608-609. Epitope SS2 dan 2C10 sangat terkonservasi,menunjukkan bahwa virus lolos dari tekanan kekebalan melalui mutasi epitope yang ditargetkan.

Gambar 4. Analisis Mutasi Asam Amino Neutralisasi Epitope SS2 (A),

SS6 (B), 2C10 (C), dan COE (D) dalam protein PEDV S Cina

Kesimpulan: Strain GII menunjukkan mutasi yang sering di wilayah COE dan SS6 (misalnya, L521H/S523G, Y766S), tetapi epitope SS2 dan 2C10 sangat terkonservasi,Memungkinkan mereka untuk menghindari antibodi netral.

3. Analisis Rekombinasi

Penelitian telah menunjukkan bahwa rekombinasi adalah kekuatan pendorong utama dalam evolusi virus PEDV.Analisis menunjukkan bahwa strain GII adalah sumber induk utama dari kejadian rekombinasi baru-baru ini dalam gen S dari strain PEDV.

Secara khusus: STAM rekombinan GIb sebagian besar terbentuk oleh rekombinasi antara STAM GI dan GII, dan wilayah rekombinasi mereka semuanya mencakup Domain 0;Strain rekombinan GIIb terutama dihasilkan oleh rekombinasi antara strain GIIb yang berbeda, dan wilayah rekombinasi sebagian besar mencakup HR2, TM dan Domain 0; sebagian dari strain rekombinan GIIc berasal dari rekombinasi antara strain GIIb,dan wilayah ini pada dasarnya mencakup FP dan HR1 dari S1 dan S2, sedangkan bagian lainnya adalah rekombinan dari strain GIa dan GIIb, dan wilayah rekombinasi juga mencakup Domain 0.

Tabel 1. Informasi tentang kejadian rekombinasi gen S pada 282 strain PEDV di Cina dari tahun 2020 hingga 2024

Kesimpulan: Dalam beberapa tahun terakhir, peristiwa rekombinasi gen S terutama terjadi pada strain GII, dan semua jenis rekombinasi melibatkan wilayah kunci seperti Domain 0.

4. Variasi Situs N-Glikosilasi

Studi telah menemukan bahwa N-glikosilasi sangat penting untuk invasi PEDV dan penghindaran kekebalan.Strain G1 (mengandung G1a/G1b/S-INDELs) memiliki pola glikosilasi yang mirip dengan strain CV777 dan tidak memiliki situs yang baru ditambahkanNamun, strain GII (GIIa/GIIb/GIIc) menunjukkan situs yang baru ditambahkan, sangat spesifik (yaitu, N62 dan N118) di Domain 0, berpotensi mempengaruhi interaksi virus-host dan pengenalan kekebalan.

Gambar 6. Dibandingkan dengan strain vaksin CV777, protein S dari subtipe PEDV yang berbeda menunjukkan perbedaan dalam jumlah situs utama N-glikosilasi.

Kesimpulan: Dibandingkan dengan strain CV777, semua subtipe umumnya kehilangan glikosilasi di situs 127, 511, dan 553. Sementara itu, subtipe GII memperoleh pola glikosilasi baru di situs 62 dan 118.

Ringkasan

Penelitian ini mengungkapkan tiga karakteristik evolusi utama virus PEDV di Cina:Subtipe GII mencapai keuntungan ganda dari "affinitas asam sialat yang tinggi dan pelarian kekebalan" melalui mutasi di domain D0.; titik panas rekombinasi terkonsentrasi di wilayah D0 mendorong evolusi adaptif; dan modifikasi glikosilasi di situs N62/N118 memediasi pelarian kekebalan.

Oleh karena itu, strategi pencegahan dan pengendalian yang ditargetkan diusulkan: mengembangkan vaksin mRNA multivalent yang menargetkan epitop aglikosilasi,tentang pembentukan sistem pengawasan berdasarkan hotspot rekombinasi, dan menilai risiko penularan antar spesies.