nouvelles de l'entreprise MDPI. Un nouveau virus de la grippe porcine H1N1 découvert dans un troupeau de porcs du Shandong: analyse du risque de transmission entre espèces et

Le 15 janvier 2026, l'équipe du professeur Yu Zhijun du Collège des sciences biologiques et de la technologie de l'Université de Jinan,en collaboration avec l'Institut de recherche sur la volaille de l'Académie des sciences agricoles du Shandong et l'Université normale du Shandong, a publié un article de recherche intitulé " Caractérisation génétique et perspectives évolutionnistes des nouveaux virus de la grippe porcine H1N1 identifiés chez les porcs dans la province du Shandong,Chine" dans la revue internationale de virologie *Virus* (MDPI).

Cette étude a détecté deux virus de la grippe porcine H1N1 (SD6591 et SD6592) dans des échantillons de porcs de la ville de Linyi et du comté de Shanghe, ville de Jinan, province du Shandong, en 2019.et ont terminé leur séquençage du génome entier et leur analyse phylogénétiqueL'étude a révélé que les gènes PA et M2 de la souche SD6591 présentaient une forte homologie avec le virus H1N1 humain.ce qui suggère que cette souche peut présenter des caractéristiques de réassortiment génétique du virus de l'influenza porcine humaineLa souche SD6592 était cependant très homologue au virus de la grippe porcine, ne présentant aucune caractéristique évidente de réassortement génique croisé entre hôtes.et ses caractéristiques génétiques ont été relativement conservées.

Cette étude fournit des preuves épidémiologiques moléculaires pour comprendre l'évolution inter-espèces des virus de l'influenza porcine dans la province du Shandong,soulignant l'importance de renforcer continuellement la surveillance de l'influenza porcine et l'évaluation du risque zoonotique.

Points marquants de la recherche

* ** Révélation d'un nouveau génotype réassortiment humain-porc:** L'analyse génomique de la souche SD6591 a montré que ses gènes PA et M2 sont hautement homologues aux virus H1N1 saisonniers humains,tandis que d'autres gènes sont principalement dérivés de virus porcs, ce qui indique qu' il s' agit d' un nouveau virus réassortiment humain-porcin.

* **Implication d'un réseau de transmission inter-espèces complexe:** L'analyse phylogénétique a révélé que le gène M2 de SD6591 se regroupe dans la même branche évolutive que les virus canins H1N1,suggérant un éventuel cycle multi-hôtes entre porcs, les chiens et les humains, soulignant la nécessité d'inclure les animaux de compagnie dans le système de surveillance.

* **Confirmation de la capacité potentielle d'infection des cellules humaines:** Des expériences in vitro avec des souches actives hautement homologues ont confirmé que le virus peut se répliquer efficacement dans les cellules épithéliales pulmonaires humaines (A549), fournissant une preuve expérimentale directe de son risque zoonotique potentiel.

• Une stratégie innovante de validation fonctionnelle a été adoptée: en réponse au défi de ne pas pouvoir isoler les virus vivants en raison de la conservation des échantillons,l'étude a utilisé de manière innovante des souches existantes présentant une homologie génomique élevée (> 91%) pour la validation de la substitution fonctionnelle in vitro, fournissant une solution réalisable pour les études caractéristiques du virus dans des circonstances similaires.

Cette étude a mené des tests d'acides nucléiques pour le virus de la grippe porcine du sous-type H1N1 sur 200 échantillons de tissus pulmonaires de porcs prélevés en 2019 à Liaocheng, Linyi, Jinan et Qingdao dans la province du Shandong.Deux échantillons positifs (SD6591 et SD6592) ont été détectés.La séquence complète du génome viral a été obtenue par séquençage à haut débit,et ses caractéristiques génétiques évolutives ont été systématiquement analysées par comparaison homologique et analyse phylogénétique. This study aims to provide basic data for molecular epidemiological surveillance of swine influenza virus in Shandong Province and to provide a scientific basis for assessing its cross-species transmission risk and formulating targeted prevention and control strategies.

Introduction au projet

Les virus de la grippe A ont une large gamme d'hôtes, infectant plusieurs espèces, notamment les humains, les oiseaux et les porcs. Swine influenza virus (SIV) not only causes significant economic losses to the pig farming industry but also poses a persistent threat to public health due to the unique biological role of pigs as "mixing vessels" for influenza viruses, ce qui leur permet de générer continuellement de nouveaux virus recombinants et de se propager entre les espèces.

Résultats de la recherche

1. Le SD6591 présente des caractéristiques uniques de réassortissement des gènes dérivés de l'homme:

Le gène PA de la souche SD6591 présente la plus grande homologie (96,99%) avec le virus H1N1 humain de 2009.son groupe génétique est fortement corrélé avec les virus H1N1 saisonniers humainsSix segments de gènes, PB2, PB1, NP, NA, HA et NEP, sont hautement homologues aux virus H1N1 classiques des porcs.Ce schéma de combinaison de gènes "6+2" suggère que le virus peut être le produit d'un réassortiment de gènes entre les virus de la grippe humaine et porcine. Il convient de noter que le gène M2 présente une affinité pour les virus H1N1 porcs et canins (A/canine/Korea/MV1/2012) sur l'arbre phylogénétique et les grappes de la même branche évolutive,suggérant que ce gène a pu pénétrer dans la population porcine par transmission inter-espèces canine-porcine.

Tableau 1. Souches ayant l'homologie la plus proche de SD6591 pour chaque gène.

2. Le SD6592 maintient les caractéristiques génomiques du virus H1N1 porcin classique:

Contrairement au SD6591, les huit segments de gènes de la souche SD6592 partagent plus de 98% d'homologie avec le virus H1N1 porcin et sont les plus étroitement liés à l'isolat de Pékin A/porc/Pékin/0301/2018 (H1N1) de 2018.Cette caractéristique génomique hautement conservée indique que cette souche a établi une chaîne de transmission stable dans la population porcine locale et occupe un créneau écologique persistant.

Tableau 2. Souches ayant l'homologie la plus élevée avec SD6592.

3Aucun signal de recombinaison significatif n' a été détecté dans l' analyse de recombinaison:

L'analyse SimPlot a suggéré des caractéristiques chimériques dans le gène PA de SD6591 et les gènes NA et NP de SD6592.y compris le PDR, GENECONV et BootScan (avec un seuil de p-value corrigé < 0,05) n' ont montré aucun signal de recombinaison statistiquement significatif.Les différences de séquence associées sont plus probables en raison de l'accumulation progressive de mutations ponctuelles ou de séquences ancestrales non échantillonnées, indiquant qu'il n'existe actuellement aucune preuve claire pour étayer l'existence d'un événement de recombinaison récent dans cette lignée.

Figure 1. Résultats de l'analyse de la recombinaison du gène SD6591 PA.

Figure 2. Résultats de l'analyse de la recombinaison des gènes SD6592 NA et NP.

4Les substituts hautement homologues possèdent une capacité de réplication cellulaire multi-hôtes:

L'équipe de recherche a effectué une validation fonctionnelle in vitro à l'aide d'un isolate de l'H1N1 de 2018 (A/porc/Chine/Qingdao/2018) présentant une homologie génomique > 91% avec le SD6591/SD6592.Les résultats de la Western blot et de la qRT-PCR ont montré que le virus pouvait se répliquer efficacement chez le porc (PK-15)Des cellules épithéliales canines (MDCK) et humaines (A549) présentant une cinétique de réplication similaire à celle de la souche témoin PR8.Ces résultats suggèrent au niveau cellulaire que ce type de virus de la grippe porcine a le potentiel d'infecter des cellules provenant de plusieurs sources hôtes..

Tableau 3. Identité nucléotidique (%) entre le fragment du gène SD6591 et deux souches H1N1 de référence.

Tableau 4. Identité nucléotidique (%) entre le fragment du gène SD6592 et deux souches H1N1 de référence.

Figure 3. Kinétique de réplication des virus 2018-H1N1 et PR8 dans différentes lignées cellulaires.

5Les caractéristiques évolutives du gène M2 suggèrent une attention aux sites liés à la résistance aux médicaments:

Le gène M2 de SD6591 présente la plus haute homologie (97.93%) avec le virus H1N1 pandémique de 2009 et des grappes dans la même branche évolutive que le virus H1N1 canin (A/canin/Corée/MV1/2012) dans l'analyse phylogénétiqueDes études antérieures ont montré que les virus de la grippe humaine de cette branche évolutive sont généralement porteurs de sites de mutation clés associés à une résistance à l' amantadine (tels que le S31N).Ces antécédents génétiques suggèrent la nécessité d'accorder une attention aux caractéristiques moléculaires potentiellement liées à la résistance aux médicaments de la souche SD6591, et une vérification expérimentale supplémentaire des sites et fonctions clés de la protéine M2 est nécessaire.

Résumé

Cette étude a complété l'analyse de l'ensemble du génome de deux virus de la grippe porcine H1N1 de la province du Shandong.Nous avons corrélé leurs caractéristiques de séquence avec leur phénotype de réplication in vitro, confirming that the H1N1 swine influenza virus circulating in pig populations still possesses the potential for cross-species multi-host cell infection even in the absence of detectable significant gene recombination events. This finding underscores the crucial importance of strengthening swine influenza virus genome surveillance and validating the phenotypic characteristics of representative strains for timely detection of potential adaptive mutations and early warning of novel influenza outbreaks.