Блог около Руководство по освоению наборов для секвенирования ДНК по Сэнгеру

В обширном ландшафте геномных исследований технологии секвенирования ДНК играют ключевую роль.Ключевой компонент этой техники – циклическое секвенирование – позволяет линейно усиливать фрагменты ДНК-мишени посредством повторного денатурации, отжигание и расширение реакций в тепловом циклере, после чего капиллярное электрофорезный анализ.построен на этой надежной системе последовательности циклов, предлагают исследователям разнообразные решения, соответствующие различным экспериментальным потребностям.

Химические основы секвенирования Сангера: первичный краситель против терминатора красителя

Секвенирование Сангера опирается на две основные химические стратегии: химию примера красителя и химию терминатора красителя.Понимание их различий и преимуществ имеет решающее значение для выбора оптимального комплекта секвенирования.

• Химия первичных красителей:Флуоресцентные красители присоединяются к секвенирующим праймерам.Этот подход превосходит в секвенировании высокого разрешения вблизи областей связывания праймера.
• Химия Терминатора красителей:Преобладающий современный метод, при котором флуоресцентные красители конъюгируются с дидеоксинуклеотидами (ддНТП)Включение ddNTP останавливает удлинение при излучении специфического флуоресцентного сигнала, что позволяет определить последовательность с помощью анализа длины фрагмента.

Комплекты реагентов BigDye®: точно настроены для различных применений

Серия BigDye® Thermo Fisher Scientific предоставляет специализированные решения для различных требований к секвенированию.

*При использовании полимера POP-6TM
† Требует M13- хвостовых праймеров во время усиления ПЦР

Стратегические преимущества универсальных праймеров

Включение M13 или других универсальных запятых с хвостом упрощает рабочие процессы путем стандартизации процессов клонирования и секвенирования, уменьшая процедурную изменчивость.

Основные приложения и критерии отбора комплекта

1. Ресеквенционирование продуктов ПЦР

Используется для обнаружения вариантов по отношению к ссылочным последовательностям, это приложение выигрывает от наборов с сильным вызовом первой базы и возможностями обнаружения смешанной базы.Двустороннее секвенирование фрагментов ПЦР обеспечивает высокое качество данных.

2. Валидация NGS

Секвенирование Сангера служит золотым стандартом для подтверждения результатов секвенирования следующего поколения, особенно для проверки целевых областей, усиленных ПЦР.

3Анализ метилирования

Бисульфитное преобразование отличает метилированные цитозины (сохраняемые в виде С) от неметилированных (преобразованных в Т). Эффективные наборы должны точно разрешать смешанные сигналы для определения состояний метилирования.Стратегии включают прямое секвенирование продуктов ПЦР, обработанных бисульфитом, или анализ клонированных фрагментов..