أخبار الشركة عن معهد أبحاث هاربين البيطري: الانتشار الحالي لنماذج NADC30-like و 12 معاد التركيب

في عام 2012، تم اكتشاف سلالة NADC30 الشبيهة بـ PRRSV لأول مرة في بلدي. منذ عام 2016، أصبحت هذه السلالة تدريجيا السلالة السائدة في البلاد. حاليا،هذه السلالة تظهر نمطًا معقدًا جدًا لإعادة التركيب، تتميز بتجانس سلسلة الجينوم المنخفضة. تظهر أعراض سريرية معتدلة ، تمتلك خصائص مضادة للجهاز المناعي القوية وتحفز استجابة ضعيفة للأجسام المضادة ،التي تظهر خصائص جديدة للأوبئة.

مؤخراً، the Harbin Veterinary Research Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences and Nanyang Normal University published a study online in Porcine Health Management on the genomic characteristics and epidemic trends of NADC30-like PRRSV in my country، وتوفير الدعم البيانات للبحوث الوبائية ذات الصلة والوقاية والسيطرة.

مقدمة

تسبب فيروس متلازمة التناسل والتنفس للخنازير (PRRSV) في خسائر اقتصادية كبيرة لصناعة الخنازير في بلدي. في عام 2012 ، تم اكتشاف فيروس PRRSV الذي يشبه NADC30 لأول مرة في بلدي.لسنوات عديدة، قام فريق تيان تشيجون في معهد هاربين للبحوث البيطرية بمراقبة الوضع الوبائي لفيروس PRRSV في بلدي باستمرار.

نتائج البحث

1زيادة كبيرة في التركيبات المختلفة مثل NADC30

وقد أظهرت الدراسات أنه منذ عام 2016، أصبحت سلالة PRRSV التي تشبه NADC30 السائدة في بلدي.استخدم الباحثون تكنولوجيا التسلسل من الجيل القادم للحصول على تسلسلات الجينوم الكامل لـ 30 سلالة فيروسيةتمت دمجها مع تسلسلات من 224 سلالة صينية في قاعدة بيانات جينبانك، وتم تحليل خصائصها الجينومية بشكل منهجي.أظهرت النتائج أن عدد السلالات المتجانسة زاد من سنة إلى أخرى، والسلالات غير المتجانسة قد اختفت تقريبا. من بينها، L1C + L8E، L1C + L5A و L1C + L1A + L8E هي حاليا أكثر ثلاثة أنواع متجانسة شيوعا.

الشكل 1. علم الأوبئة وإعادة تجميع فيروس PRRSV الذي يشبه NADC30 في الصين

(أ) انتشار PRRSV في الصين، (ب) الاتجاهات الزمنية لأنماط السلالة المتجددة

(ج) توزيع أنماط إعادة التركيب

الاستنتاج: في السنوات الأخيرة، استمرت سلالات تشبه NADC30 في السيطرة على بلدي وشاركت على نطاق واسع في إعادة التركيب، وتشكيل أنواع فرعية متعددة،مع L1C + L8E كونها الأكثر شيوعاأصبح تسلسل الجينوم بأكمله أداة رئيسية لدراسة تطورها ومرضها.

2. 12 نماذج إعادة التركيب

مع زيادة عدد السلالات المتجانسة، لم يعد التصنيف القائم فقط على جين ORF5 قادرًا على انعكاس الخصائص الفيروسية بشكل كامل ودقيق.هذه الدراسة استخدمت تحليلات علمية أساسها تسلسلات الجينوم بأكمله ونتائج إعادة التركيب المشتركة لتصنيف سلالات تشبه NADC30 في بلديفي النهاية، تم تصنيف 120 سلالة ذات خصائص إعادة التركيب مماثلة إلى 12 فرعية، NADC30-R1 إلى R12، وكان متوسط المسافة الوراثية داخل الفئات الفرعية 5.73٪ (الاختلاف القياسي ± 1.68)، بينما تجاوزت المسافة الوراثية بين الأنواع الفرعية عموماً 10٪ ، جميع السلالات في نفس المجموعة كانت لديها حذف متقطع لـ 131 حمض أميني في بروتين Nsp2 ،تتفق مع الخصائص النموذجية للسلالات التي تشبه NADC30من حيث العصبية، لم تظهر السلالات في كل مجموعة اتساقًا كبيرًا، مع معظم السلالات ذات العصبية المعتدلة.

الشكل 2. نظام تصنيف لـ NADC30 مثل PRRSV بناءً على التحليل الفيلوجيني و أنماط إعادة التركيب

(أ) شجرة علم الوراثة للجينوم بأكمله، (ب) خريطة الجينوم لنمط إعادة التركيب

الاستنتاج: هذه الدراسة صنفت السلالات الصينية التي تشبه NADC30 إلى 12 نوعًا من خلال تحليل الجينوم بأكمله. تم العثور على أن هذه السلالات تظهر حذفًا نموذجيًا لـ Nsp2 ،مع عدوى معتدلة وتباين وراثي كبير داخل المجموعة.

3تسلسلات الجينوم الكامل من 19 مقاطعة

The results showed that whole-genome sequences of NADC30-like viruses from 19 provinces in my country revealed a gradual increase in the number of strains belonging to the NADC30-R1 to R12 types since 2018، حيث تمثل NADC30-R1 و NADC30-R2 نسبة كبيرة. ظهر سلالة NADC30-R1 لأول مرة في عام 2014 وقد كانت تدور لفترة طويلة ، مع وجود تقارير حديثة لا تزال مستمرة.سلالة NADC30-R2 هي الفيروس الأكثر انتشارًا في بلديبعد ظهورها الأول في عام 2020، انتشرت بسرعة، حيث ارتفع معدل الكشف عنها بشكل كبير في السنوات الأخيرة.على الرغم من أن أنماط تجميع سلالات مثل NADC30 معقدة، أصبحت بعض السلالات من نفس النوع المتجدد منتشرة في أجزاء من الصين.

الشكل 3. التوزيع الجغرافي ونسبة التسلسلات الجينومية الكاملة لـ PRRSV التي تشبه NADC30 في كل مجموعة

(أ-ب) التوزيع الجغرافي لأنواع السلالة، (ج) الهيمنة R1/R2

الاستنتاج: من بين الفيروسات المماثلة لـ NADC30 في بلدي، يزداد عدد سلالات R1 و R2.يظهر سلالة R2 الواسعة الانتشار والسرعة أنماطًا معقدة من إعادة التركيب ولا تزال تدور في بعض المناطق.

4نسبة السلالات المتجانسة

يظل الوضع الوبائي لـ NADC30 مثل PRRSV في بلدي معقدًا ، مع ظهور سلالات جديدة متجددة باستمرار مما يزيد من التنوع الوراثي للفيروس.NADC30-IR لا تزال أكبر مجموعة، وأنماط إعادة التركيب داخل هذه المجموعة متنوعة جداً ولا تفتقر إلى خصائص متسقة. مع زيادة عدد تسلسلات الجينوم بأكمله في قاعدة بيانات GenBank ،قد يتم اكتشاف سلالات مميزة جديدة في المستقبل، أو يمكن إعادة تصنيفها إلى أنواع NADC30-R1 إلى R12 الحالية.

الشكل الرابع: نسبة الـ NADC30 مثل PRRSV مع أنماط إعادة التركيب المختلفة في الصين

NR: سلالة غير متجانسة؛ IR: سلالة ذات نمط غير منتظم للجمع؛ R1 إلى R12: سلالات متجانسة ذات خصائص متسقة.يمثل محور X معايير التصنيف المستخدمة في هذه الدراسةيمثل المحور Y حجم العينة لكل نوع.

الاستنتاج: الوضع الوبائي لـ NADC30 مثل PRRSV في بلدي معقد ، مع تزايد التنوع الوراثي. NADC30-IR هي المجموعة المهيمنة.قد تظهر سلالات جديدة أو قد يتم تعديل التصنيف الحالي مع توفر المزيد من البيانات.

ملخص

هذه الدراسة تظهر أن فيروس PRRSV-2 الذي يدور حاليا في بلدي يتكون في المقام الأول من L1A، L1C، L3.5، والسلالات الفرعية L8E ، التي L1C (مثل NADC30) هي المهيمنة وغالباً ما تتجمع مرة أخرى. يؤدي التركيب مرة أخرى إلى تنويع الفيروسات وتطورها ،ولكن التركيب لا يحدد مباشرة العدوىو ترتبط الفيروسية بنماذج إعادة التركيب المحددة.