notizie sull'azienda Harbin Veterinary Research Institute: Prevalenza attuale di modelli simili a NADC30 e 12 modelli ricombinanti

Nel 2012, il ceppo NADC30 simile al PRRSV è stato scoperto per la prima volta nel mio paese. Dal 2016, questo ceppo è gradualmente diventato il ceppo predominante nel paese.questo ceppo presenta un modello di ricombinazione molto complesso, caratterizzata da una bassa omologia delle sequenze genomiche, presenta sintomi clinici moderati, possiede forti proprietà immunosoppressive e induce una debole risposta anticorpale,che presentano nuove caratteristiche epidemiche.

Di recente, the Harbin Veterinary Research Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences and Nanyang Normal University published a study online in Porcine Health Management on the genomic characteristics and epidemic trends of NADC30-like PRRSV in my country, fornendo supporto dati per la ricerca epidemiologica correlata e la prevenzione e il controllo.

Introduzione

Il virus della sindrome riproduttiva e respiratoria dei suini (PRRSV) ha causato gravi perdite economiche all'industria suina del mio paese.Per molti anni, il team di Tian Zhijun presso l'Istituto di ricerca veterinaria di Harbin ha continuato a monitorare la situazione epidemica del PRRSV nel mio paese.

Risultati della ricerca

1Aumento significativo delle ricombinazioni simili a NADC30

Gli studi hanno dimostrato che dal 2016, il PRRSV simile al NADC30 è diventato il ceppo predominante nel mio paese.I ricercatori hanno usato la tecnologia di sequenziamento di nuova generazione per ottenere le sequenze genomiche complete di 30 ceppi di virusIn combinazione con le sequenze di 224 ceppi cinesi nel database GenBank, le loro caratteristiche genomiche sono state analizzate in modo sistematico.I risultati hanno mostrato che il numero di ceppi ricombinanti è aumentato di anno in annoTra questi, L1C+L8E, L1C+L5A e L1C+L1A+L8E sono attualmente i tre tipi ricombinanti più comuni.

Figura 1. Epidemiologia e ricombinazione del PRRSV simile al NADC30 in Cina

(A) Prevalenza del PRRSV in Cina, (B) Tendenza temporale dei modelli di ceppi ricombinanti

(C) Distribuzione dei modelli di ricombinazione

Conclusione: negli ultimi anni, i ceppi simili al NADC30 hanno continuato a dominare nel mio paese e hanno partecipato ampiamente alla ricombinazione, formando più sottotipi,con L1C+L8E che è il più comuneIl sequenziamento dell'intero genoma è diventato uno strumento chiave per studiare la loro evoluzione e patogenicità.

2. 12 Modelli di ricombinazione

Con l'aumento del numero di ceppi ricombinanti, la tipizzazione basata esclusivamente sul gene ORF5 non è più in grado di riflettere in modo completo e accurato le caratteristiche virali.Questo studio ha utilizzato l'analisi filogenetica basata su sequenze dell'intero genoma e risultati combinati di ricombinazione per classificare ceppi simili al NADC30 nel mio paeseAlla fine, 120 ceppi con caratteristiche di ricombinazione simili sono stati classificati in 12 sottotipi, NADC30-R1 a R12.68), mentre la distanza genetica tra i sottotipi superava generalmente il 10%. Tutti i ceppi dello stesso gruppo presentavano una delezione discontinua di 131 aminoacidi nella proteina Nsp2,coerente con le caratteristiche tipiche dei ceppi simili a NADC30In termini di virulenza, i ceppi di ciascun gruppo non hanno mostrato una consistenza significativa, con la maggior parte dei ceppi di virulenza moderata.

Figura 2. Sistema di classificazione del PRRSV simile al NADC30 basato sull'analisi filogenetica e sui modelli di ricombinazione

(A) Albero filogenetico dell'intero genoma, (B) Mappa del genoma del modello di ricombinazione

Conclusione: Questo studio ha classificato i ceppi cinesi simili al NADC30 in 12 tipi attraverso l'analisi dell'intero genoma.con virulenza moderata e variazione genetica significativa all'interno del gruppo.

3- Sequenze genomiche complete da 19 province

The results showed that whole-genome sequences of NADC30-like viruses from 19 provinces in my country revealed a gradual increase in the number of strains belonging to the NADC30-R1 to R12 types since 2018Il ceppo NADC30-R1 è apparso per la prima volta nel 2014 e circola da molto tempo, con recenti rapporti ancora in corso.Il virus NADC30-R2 è il più diffuso nel mio paese.Dopo la sua prima comparsa nel 2020, si è diffusa rapidamente, con un tasso di rilevamento in notevole aumento negli ultimi anni.Sebbene i modelli di ricombinazione di ceppi simili a NADC30 siano complessi, alcuni ceppi dello stesso tipo ricombinante sono diventati diffusi in alcune parti della Cina.

Figura 3. Distribuzione geografica e proporzione delle sequenze del genoma intero del PRRSV simile al NADC30 in ogni gruppo

(A-B) Distribuzione geografica dei tipi di ceppo, (C) Dominanza R1/R2

Conclusione: tra i virus simili al NADC30 nel mio paese, il numero di ceppi R1 e R2 è in aumento.il ceppo R2 diffuso e in rapida diffusione presenta complessi schemi di ricombinazione e continua a circolare in alcune aree.

4Proporzione di ceppi ricombinanti

La situazione epidemica del PRRSV simile al NADC30 nel mio paese rimane complessa, con la continua comparsa di nuovi ceppi ricombinanti che aumentano la diversità genetica del virus.NADC30-IR rimane il gruppo più grande, e i modelli di ricombinazione all'interno di questo gruppo sono piuttosto diversi e mancano di caratteristiche coerenti.Potrebbero essere scoperti in futuro nuovi ceppi caratteristici, oppure possono essere riclassificati nei tipi esistenti NADC30-R1 a R12.

Figura 4. Proporzione di PRRSV simili a NADC30 con diversi modelli di ricombinazione in Cina

NR: ceppo non ricombinante; IR: ceppo con un modello di ricombinazione irregolare; da R1 a R12: ceppi ricombinanti con caratteristiche coerenti.L'asse X rappresenta i criteri di classificazione utilizzati nel presente studioL'asse Y rappresenta la dimensione del campione per ciascun tipo.

Conclusione: la situazione epidemica del PRRSV simile al NADC30 nel mio paese è complessa, con una crescente diversità genetica.Potrebbero emergere nuovi ceppi o la classificazione esistente potrebbe essere adeguata man mano che saranno disponibili ulteriori dati..

Riassunto

Questo studio mostra che il PRRSV-2 attualmente in circolazione nel mio paese è composto principalmente dai virus L1A, L1C, L3.5La ricombinazione favorisce la diversificazione e l'evoluzione virale,ma la ricombinazione non determina direttamente la virulenzaLa virulenza è associata a modelli specifici di ricombinazione.