nouvelles de l'entreprise Institut de recherche vétérinaire de Harbin : Prévalence actuelle des modèles de type NADC30 et de 12 recombinants

En 2012, la souche NADC30 ressemblant au PRRSV a été découverte pour la première fois dans mon pays. Depuis 2016, cette souche est progressivement devenue la souche prédominante dans le pays.cette souche présente un schéma de recombinaison très complexeIl présente des symptômes cliniques modérés, possède de fortes propriétés immunosuppressives et induit une faible réponse d'anticorps.présentant de nouvelles caractéristiques épidémiques.

Récemment, the Harbin Veterinary Research Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences and Nanyang Normal University published a study online in Porcine Health Management on the genomic characteristics and epidemic trends of NADC30-like PRRSV in my country, fournissant des données de soutien pour la recherche épidémiologique et la prévention et le contrôle connexes.

Introduction au projet

Le virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (PRRSV) a causé de graves pertes économiques à l'industrie porcine de mon pays.Depuis de nombreuses années, l'équipe de Tian Zhijun de l'Institut de recherche vétérinaire de Harbin a continuellement surveillé la situation épidémique du SRRSV dans mon pays.

Résultats de la recherche

1Augmentation significative des recombinaisons de type NADC30

Des études ont montré que depuis 2016, le PRRSV de type NADC30 est devenu la souche prédominante dans mon pays.Des chercheurs ont utilisé la technologie de séquençage de nouvelle génération pour obtenir les séquences génomiques complètes de 30 souches de virus.Combinées avec des séquences de 224 souches chinoises dans la base de données GenBank, leurs caractéristiques génomiques ont été systématiquement analysées.Les résultats ont montré que le nombre de souches recombinantes augmentait d'année en annéeParmi ces souches, L1C+L8E, L1C+L5A et L1C+L1A+L8E sont actuellement les trois types recombinants les plus courants.

Figure 1. Épidémiologie et recombinaison du PRRSV de type NADC30 en Chine

(A) Prévalence du VRSPR en Chine, (B) Tendances temporelles des modèles de souches recombinantes

(C) Répartition des schémas de recombinaison

Conclusion: ces dernières années, les souches de type NADC30 ont continué à dominer dans mon pays et ont largement participé à la recombinaison, formant de multiples sous-types.avec L1C+L8E étant le plus communLe séquençage du génome entier est devenu un outil clé pour étudier leur évolution et leur pathogénicité.

2. 12 Modèles de recombinaison

Avec l'augmentation du nombre de souches recombinantes, le typage basé uniquement sur le gène ORF5 n'est plus en mesure de refléter pleinement et précisément les caractéristiques virales.Cette étude a utilisé une analyse phylogénétique basée sur des séquences de tout le génome et des résultats de recombinaison combinés pour classer les souches de type NADC30 dans mon paysFinalement, 120 souches présentant des caractéristiques de recombinaison similaires ont été classées en 12 sous-types, NADC30-R1 à R12.68), tandis que la distance génétique entre les sous-types dépassait généralement 10%. Toutes les souches du même groupe présentaient une suppression discontinue de 131 acides aminés dans la protéine Nsp2,cohérent avec les caractéristiques typiques des souches de type NADC30En termes de virulence, les souches de chaque groupe n'ont pas montré de cohérence significative, la plupart des souches étant de virulence modérée.

Figure 2. Système de classification des PRRSV de type NADC30 basé sur l'analyse phylogénétique et les modèles de recombinaison

(A) Arbre phylogénétique de tout le génome, (B) Carte du génome de modèle de recombinaison

Conclusion: Cette étude a classé les souches chinoises de type NADC30 en 12 types grâce à une analyse du génome entier.avec une virulence modérée et une variation génétique significative au sein du groupe.

3Des séquences de génomes entiers de 19 provinces

The results showed that whole-genome sequences of NADC30-like viruses from 19 provinces in my country revealed a gradual increase in the number of strains belonging to the NADC30-R1 to R12 types since 2018La souche NADC30-R1 est apparue pour la première fois en 2014 et circule depuis longtemps, les rapports récents étant toujours en cours.La souche NADC30-R2 est le virus le plus répandu dans mon pays.Après sa première apparition en 2020, il s'est propagé rapidement, son taux de détection augmentant considérablement ces dernières années.Bien que les schémas de recombinaison des souches de type NADC30 soient complexes,, certaines souches du même type recombinant sont devenues répandues dans certaines parties de la Chine.

Figure 3. Répartition géographique et proportion de séquences de génome entier de PRRSV de type NADC30 dans chaque groupe

(A-B) Répartition géographique des types de souches, (C) R1/R2 Dominance

Conclusion: parmi les virus de type NADC30 dans mon pays, le nombre de souches R1 et R2 est en augmentation.la souche R2 répandue et se propageant rapidement présente des schémas de recombinaison complexes et continue de circuler dans certaines régions.

4Proportion de souches recombinantes

La situation épidémique du PRRSV de type NADC30 dans mon pays reste complexe, l'émergence continue de nouvelles souches recombinantes augmentant la diversité génétique du virus.Le NADC30-IR reste le groupe le plus important, et les modèles de recombinaison au sein de ce groupe sont assez divers et manquent de caractéristiques cohérentes.de nouvelles souches caractéristiques pourraient être découvertes à l'avenir, ou ils peuvent être reclassés dans les types NADC30-R1 à R12 existants.

Graphique 4. Proportion de PRRSV de type NADC30 avec des schémas de recombinaison différents en Chine

NR: souche non recombinante; IR: souche présentant un schéma de recombinaison irrégulier; R1 à R12: souches recombinantes présentant des caractéristiques cohérentes.L'axe X représente les critères de classification utilisés dans cette étudeL'axe Y représente la taille de l'échantillon pour chaque type.

Conclusion: la situation épidémique du VPRRS analogue au NADC30 dans mon pays est complexe, avec une diversité génétique croissante.De nouvelles souches peuvent apparaître ou la classification existante peut être ajustée à mesure que de nouvelles données deviennent disponibles..

Résumé

Cette étude montre que le PRRSV-2 actuellement en circulation dans mon pays est principalement composé des L1A, L1C, L3.5La recombinaison favorise la diversification et l'évolution virale,mais la recombinaison ne détermine pas directement la virulence; la virulence est associée à des schémas de recombinaison spécifiques.