Năm 2012, chủng NADC30 giống PRRSV lần đầu tiên được phát hiện ở đất nước tôi. Kể từ năm 2016, chủng này dần trở thành chủng chủ yếu trong nước. Hiện tại, chủng này thể hiện kiểu tái tổ hợp rất phức tạp, được đặc trưng bởi sự tương đồng trình tự gen thấp. Nó thể hiện các triệu chứng lâm sàng vừa phải, có đặc tính ức chế miễn dịch mạnh và gây ra phản ứng kháng thể yếu, thể hiện các đặc điểm dịch bệnh mới.
Gần đây, Viện Nghiên cứu Thú y Cáp Nhĩ Tân thuộc Học viện Khoa học Nông nghiệp Trung Quốc và Đại học Sư phạm Nam Dương đã công bố một nghiên cứu trực tuyến trên Porcine Health Management về các đặc điểm bộ gen và xu hướng dịch bệnh của PRRSV giống NADC30 ở đất nước tôi, cung cấp dữ liệu hỗ trợ cho nghiên cứu dịch tễ học liên quan và phòng ngừa và kiểm soát.
Giới thiệu
Virus hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn (PRRSV) đã gây ra những thiệt hại kinh tế nghiêm trọng cho ngành chăn nuôi lợn của đất nước tôi. Năm 2012, PRRSV giống NADC30 lần đầu tiên được phát hiện ở đất nước tôi. Trong nhiều năm, nhóm của Tian Zhijun tại Viện Nghiên cứu Thú y Cáp Nhĩ Tân đã liên tục theo dõi tình hình dịch bệnh của PRRSV ở đất nước tôi.
Kết quả nghiên cứu
1. Tăng đáng kể các tái tổ hợp giống NADC30
Các nghiên cứu đã chỉ ra rằng kể từ năm 2016, PRRSV giống NADC30 đã trở thành chủng chủ yếu ở đất nước tôi. Để hiểu rõ hơn về sự lưu hành của nó ở Trung Quốc, các nhà nghiên cứu đã sử dụng công nghệ giải trình tự thế hệ mới để thu được trình tự bộ gen hoàn chỉnh của 30 chủng virus. Kết hợp với các trình tự từ 224 chủng Trung Quốc trong cơ sở dữ liệu GenBank, các đặc điểm bộ gen của chúng đã được phân tích một cách có hệ thống. Kết quả cho thấy số lượng chủng tái tổ hợp tăng lên theo từng năm và các chủng không tái tổ hợp hầu như đã biến mất. Trong số đó, L1C+L8E, L1C+L5A và L1C+L1A+L8E hiện là ba loại tái tổ hợp phổ biến nhất.
Hình 1. Dịch tễ học và tái tổ hợp của PRRSV giống NADC30 ở Trung Quốc
(A) Tỷ lệ lưu hành của PRRSV ở Trung Quốc, (B) Xu hướng theo thời gian của các kiểu chủng tái tổ hợp
(C) Phân bố các kiểu tái tổ hợp
Kết luận: Trong những năm gần đây, các chủng giống NADC30 tiếp tục chiếm ưu thế ở đất nước tôi và đã tham gia rộng rãi vào quá trình tái tổ hợp, hình thành nhiều phân nhóm, trong đó L1C+L8E là phổ biến nhất. Giải trình tự bộ gen hoàn chỉnh đã trở thành một công cụ quan trọng để nghiên cứu sự tiến hóa và khả năng gây bệnh của chúng.
2. 12 Mô hình tái tổ hợp
Với số lượng chủng tái tổ hợp ngày càng tăng, việc phân loại chỉ dựa trên gen ORF5 không còn có thể phản ánh đầy đủ và chính xác các đặc điểm của virus. Nghiên cứu này đã sử dụng phân tích phát sinh loài dựa trên trình tự bộ gen hoàn chỉnh và kết hợp các kết quả tái tổ hợp để phân loại các chủng giống NADC30 ở đất nước tôi. Cuối cùng, 120 chủng có đặc điểm tái tổ hợp tương tự đã được phân loại thành 12 phân nhóm, từ NADC30-R1 đến R12. Khoảng cách di truyền trung bình trong các phân nhóm là 5,73% (độ lệch chuẩn ±1,68), trong khi khoảng cách di truyền giữa các phân nhóm thường vượt quá 10%. Tất cả các chủng trong cùng một nhóm đều có sự thiếu hụt không liên tục 131 axit amin trong protein Nsp2, phù hợp với các đặc điểm điển hình của các chủng giống NADC30. Về độc lực, các chủng trong mỗi nhóm không cho thấy sự nhất quán đáng kể, với hầu hết các chủng có độc lực vừa phải.
Hình 2. Hệ thống phân loại PRRSV giống NADC30 dựa trên phân tích phát sinh loài và kiểu tái tổ hợp
(A) Cây phát sinh loài bộ gen hoàn chỉnh, (B) Bản đồ bộ gen kiểu tái tổ hợp
Kết luận: Nghiên cứu này đã phân loại các chủng giống NADC30 của Trung Quốc thành 12 loại thông qua phân tích bộ gen hoàn chỉnh. Các chủng này được phát hiện là thể hiện sự thiếu hụt Nsp2 điển hình, với độc lực vừa phải và biến đổi di truyền đáng kể trong nhóm.
3. Trình tự bộ gen hoàn chỉnh từ 19 tỉnh
Kết quả cho thấy trình tự bộ gen hoàn chỉnh của các virus giống NADC30 từ 19 tỉnh ở đất nước tôi cho thấy sự gia tăng dần số lượng chủng thuộc các loại NADC30-R1 đến R12 kể từ năm 2018, với NADC30-R1 và NADC30-R2 chiếm một tỷ lệ đáng kể. Chủng NADC30-R1 xuất hiện lần đầu vào năm 2014 và đã lưu hành trong một thời gian dài, với các báo cáo gần đây vẫn đang tiếp diễn. Chủng NADC30-R2 là virus giống NADC30 được phân bố rộng rãi nhất ở đất nước tôi, đã lan sang ít nhất 12 tỉnh và khu vực. Sau lần xuất hiện đầu tiên vào năm 2020, nó đã lan rộng nhanh chóng, với tỷ lệ phát hiện tăng đáng kể trong những năm gần đây. Mặc dù các kiểu tái tổ hợp của các chủng giống NADC30 rất phức tạp, nhưng một số chủng cùng loại tái tổ hợp đã trở nên phổ biến ở một số khu vực của Trung Quốc.
Hình 3. Phân bố địa lý và tỷ lệ trình tự bộ gen hoàn chỉnh của PRRSV giống NADC30 trong mỗi nhóm
(A-B) Phân bố địa lý của các loại chủng, (C) Sự chiếm ưu thế của R1/R2
Kết luận: Trong số các virus giống NADC30 ở đất nước tôi, số lượng chủng R1 và R2 đang tăng lên. Đặc biệt, chủng R2 lan rộng và lan nhanh thể hiện các kiểu tái tổ hợp phức tạp và tiếp tục lưu hành ở một số khu vực.
4. Tỷ lệ các chủng tái tổ hợp
Tình hình dịch bệnh của PRRSV giống NADC30 ở đất nước tôi vẫn còn phức tạp, với sự xuất hiện liên tục của các chủng tái tổ hợp mới làm tăng sự đa dạng di truyền của virus. Đáng chú ý, NADC30-IR vẫn là nhóm lớn nhất và các kiểu tái tổ hợp trong nhóm này khá đa dạng và thiếu các đặc điểm nhất quán. Khi số lượng trình tự bộ gen hoàn chỉnh trong cơ sở dữ liệu GenBank tăng lên, các chủng đặc trưng mới có thể được phát hiện trong tương lai hoặc chúng có thể được phân loại lại thành các loại NADC30-R1 đến R12 hiện có.
Hình 4. Tỷ lệ PRRSV giống NADC30 với các kiểu tái tổ hợp khác nhau ở Trung Quốc
NR: chủng không tái tổ hợp; IR: chủng có kiểu tái tổ hợp không đều; R1 đến R12: các chủng tái tổ hợp có đặc điểm nhất quán. Trục X biểu thị các tiêu chí phân loại được sử dụng trong nghiên cứu này. Trục Y biểu thị kích thước mẫu cho mỗi loại.
Kết luận: Tình hình dịch bệnh của PRRSV giống NADC30 ở đất nước tôi rất phức tạp, với sự đa dạng di truyền ngày càng tăng. NADC30-IR là nhóm chủ đạo. Các chủng mới có thể xuất hiện hoặc việc phân loại hiện có có thể được điều chỉnh khi có nhiều dữ liệu hơn.
Tóm tắt
Nghiên cứu này cho thấy rằng PRRSV-2 hiện đang lưu hành ở đất nước tôi chủ yếu bao gồm các dòng phụ L1A, L1C, L3.5 và L8E, trong đó L1C (giống NADC30) là chủ đạo và thường xuyên tái tổ hợp. Tái tổ hợp thúc đẩy sự đa dạng hóa và tiến hóa của virus, nhưng tái tổ hợp không trực tiếp xác định độc lực; độc lực có liên quan đến các kiểu tái tổ hợp cụ thể.
Người liên hệ: Mr. Huang Jingtai
Tel: 17743230916
