Em 2012, a estirpe NADC30 semelhante ao PRRSV foi descoberta pela primeira vez no meu país. Desde 2016, esta estirpe gradualmente se tornou a estirpe predominante no país.Esta estirpe apresenta um padrão de recombinação altamente complexo, caracterizado por baixa homologia da sequência genómica, apresenta sintomas clínicos moderados, possui fortes propriedades imunossupressoras e induz uma resposta de anticorpos fraca,que apresentam novas características epidémicas.
Recentemente, the Harbin Veterinary Research Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences and Nanyang Normal University published a study online in Porcine Health Management on the genomic characteristics and epidemic trends of NADC30-like PRRSV in my country, fornecendo apoio de dados para a investigação epidemiológica e a prevenção e controlo relacionados.
Introdução
O vírus da síndrome reprodutiva e respiratória porcina (PRRSV) causou graves perdas económicas à indústria suína do meu país.Há muitos anos, a equipe de Tian Zhijun no Instituto de Pesquisa Veterinária de Harbin monitorou continuamente a situação epidêmica do PRRSV no meu país.
Resultados da investigação
1Aumento significativo das recombinações semelhantes ao NADC30
Estudos mostraram que, desde 2016, o PRRSV semelhante ao NADC30 tornou-se a cepa predominante no meu país.Os pesquisadores usaram a tecnologia de sequenciamento de última geração para obter as sequências do genoma completo de 30 cepas de vírusCombinadas com sequências de 224 estirpes chinesas no banco de dados GenBank, as suas características genómicas foram sistematicamente analisadas.Os resultados mostraram que o número de estirpes recombinantes aumentou ano após ano., e as estirpes não recombinantes quase desapareceram.Entre elas, L1C+L8E, L1C+L5A e L1C+L1A+L8E são atualmente os três tipos recombinantes mais comuns.
Figura 1. Epidemiologia e recombinação do PRRSV semelhante ao NADC30 na China
(A) Prevalência do PRRSV na China, (B) Tendências temporais dos padrões de estirpes recombinantes
(C) Distribuição dos padrões de recombinação
Conclusão: nos últimos anos, as estirpes semelhantes ao NADC30 continuaram a dominar no meu país e participaram amplamente na recombinação, formando vários subtipos,com L1C+L8E sendo o mais comumO sequenciamento de todo o genoma tornou-se uma ferramenta chave para estudar a sua evolução e patogenicidade.
2. 12 Modelos de recombinação
Com o aumento do número de estirpes recombinantes, a tipização baseada apenas no gene ORF5 não é mais capaz de refletir de forma completa e precisa as características virais.Este estudo usou análise filogenética baseada em sequências de genoma inteiro e resultados combinados de recombinação para classificar estirpes semelhantes a NADC30 no meu paísEm última análise, 120 estirpes com características de recombinação semelhantes foram classificadas em 12 subtipos, NADC30-R1 a R12.68), enquanto a distância genética entre os subtipos geralmente ultrapassava 10%. Todas as estirpes do mesmo grupo apresentaram uma deleção discontínua de 131 aminoácidos na proteína Nsp2,consistente com as características típicas das estirpes semelhantes ao NADC30Em termos de virulência, as estirpes de cada grupo não mostraram consistência significativa, sendo a maioria das estirpes de virulência moderada.
Figura 2. Sistema de classificação dos PRRSV semelhantes ao NADC30 com base na análise filogenética e nos padrões de recombinação
(A) Árvore filogenética de genoma inteiro, (B) Mapa do genoma de padrão de recombinação
Conclusão: Este estudo classificou as estirpes chinesas semelhantes ao NADC30 em 12 tipos através da análise do genoma inteiro.com virulência moderada e variação genética significativa no grupo.
3Sequências de genoma completo de 19 províncias
The results showed that whole-genome sequences of NADC30-like viruses from 19 provinces in my country revealed a gradual increase in the number of strains belonging to the NADC30-R1 to R12 types since 2018A cepa NADC30-R1 apareceu pela primeira vez em 2014 e tem circulado por um longo tempo, com relatórios recentes ainda em andamento.A estirpe NADC30-R2 é o vírus semelhante ao NADC30 mais amplamente distribuído no meu paísApós sua primeira aparição em 2020, ele se espalhou rapidamente, com sua taxa de detecção aumentando significativamente nos últimos anos.Embora os padrões de recombinação de estirpes semelhantes ao NADC30 sejam complexos, algumas estirpes do mesmo tipo recombinante tornaram-se predominantes em partes da China.
Figura 3. Distribuição geográfica e proporção de sequências de genoma completo de PRRSV semelhantes a NADC30 em cada grupo
(A-B) Distribuição geográfica dos tipos de estirpes, (C) R1/R2 Dominação
Conclusão: Entre os vírus semelhantes ao NADC30 no meu país, o número de estirpes R1 e R2 está a aumentar.A estirpe R2 generalizada e de rápida propagação apresenta padrões complexos de recombinação e continua a circular em algumas zonas.
4Proporção de estirpes recombinantes
A situação epidémica do PRRSV semelhante ao NADC30 no meu país continua a ser complexa, com o surgimento contínuo de novas estirpes recombinantes que aumentam a diversidade genética do vírus.O NADC30-IR continua a ser o maior grupo, e os padrões de recombinação dentro deste grupo são bastante diversos e carecem de características consistentes.Novas estirpes características poderão ser descobertas no futuro, ou podem ser reclassificados nos tipos existentes NADC30-R1 a R12.
Figura 4. Proporção de PRRSV semelhantes ao NADC30 com diferentes padrões de recombinação na China
NR: estirpe não recombinante; IR: estirpe com padrão de recombinação irregular; R1 a R12: estirpes recombinantes com características consistentes.O eixo X representa os critérios de classificação utilizados neste estudoO eixo Y representa o tamanho da amostra para cada tipo.
Conclusão: A situação epidémica do PRRSV semelhante ao NADC30 no meu país é complexa, com uma crescente diversidade genética.Podem surgir novas estirpes ou a classificação existente pode ser ajustada à medida que se tornam disponíveis mais dados..
Resumo
Este estudo mostra que o PRRSV-2 actualmente circulante no meu país é constituído principalmente pelos L1A, L1C, L3.5, e sublinhagens L8E, das quais a L1C (semelhante à NADC30) é dominante e frequentemente se recombina.mas a recombinação não determina diretamente a virulênciaA virulência está associada a padrões específicos de recombinação.
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