εταιρικά νέα για Ινστιτούτο Κτηνιατρικής Έρευνας Χαρμπίν: Τρέχουσα Επικράτηση Μοντέλων που μοιάζουν με NADC30 και 12 Ανασυνδυασμένων

Το 2012, το στέλεχος NADC30 που μοιάζει με το PRRSV ανακαλύφθηκε για πρώτη φορά στη χώρα μου. Από το 2016, αυτό το στέλεχος έχει σταδιακά γίνει το κυρίαρχο στέλεχος στη χώρα.το στέλεχος αυτό παρουσιάζει ένα πολύπλοκο μοτίβο επανασυνδυασμούΔείχνει μέτρια κλινικά συμπτώματα, διαθέτει ισχυρές ανοσοκατασταλτικές ιδιότητες και προκαλεί μια αδύναμη απάντηση αντισωμάτων.που παρουσιάζουν νέα επιδημικά χαρακτηριστικά.

Πρόσφατα, the Harbin Veterinary Research Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences and Nanyang Normal University published a study online in Porcine Health Management on the genomic characteristics and epidemic trends of NADC30-like PRRSV in my country, παρέχοντας υποστήριξη δεδομένων για σχετική επιδημιολογική έρευνα και πρόληψη και έλεγχο.

Εισαγωγή

Ο ιός του αναπαραγωγικού και αναπνευστικού συνδρόμου των χοίρων (PRRSV) προκάλεσε σοβαρές οικονομικές απώλειες στη βιομηχανία χοίρων της χώρας μου.Για πολλά χρόνια, η ομάδα του Tian Zhijun στο Ινστιτούτο Κτηνιατρικής Έρευνας Harbin παρακολουθεί συνεχώς την επιδημική κατάσταση του PRRSV στη χώρα μου.

Αποτελέσματα έρευνας

1Σημαντική αύξηση των ανασχηματισμών που μοιάζουν με το NADC30

Μελέτες έχουν δείξει ότι από το 2016, το NADC30-like PRRSV έχει γίνει το κυρίαρχο στέλεχος στη χώρα μου.Οι ερευνητές χρησιμοποίησαν τεχνολογία επόμενης γενιάς για να αποκτήσουν ολόκληρη τη σειρά γονιδιωμάτων 30 στελεχών ιώνΣε συνδυασμό με τις ακολουθίες από 224 κινέζικα στελέχη στη βάση δεδομένων GenBank, τα γονιδιωματικά χαρακτηριστικά τους αναλύθηκαν συστηματικά.Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι ο αριθμός των ανασυνδυασμένων στελεχών αυξήθηκε κάθε χρόνο.Μεταξύ αυτών, οι L1C+L8E, L1C+L5A και L1C+L1A+L8E είναι σήμερα οι τρεις πιο συνηθισμένοι τύποι ανασυνδυασμού.

Σχήμα 1. Επιδημιολογία και ανασυνδυασμός του NADC30-like PRRSV στην Κίνα

(Α) Τυποποίηση του PRRSV στην Κίνα, (Β) Χρονολογικές τάσεις των προτύπων ανασυνδυασμένων στελεχών

(Γ) Κατανομή των προτύπων επανασυνδυασμού

Συμπέρασμα: Τα τελευταία χρόνια, τα στελέχη που μοιάζουν με το NADC30 εξακολουθούν να κυριαρχούν στη χώρα μου και συμμετέχουν εκτενώς στην ανασύνθεση, σχηματίζοντας πολλαπλούς υποτύπους.με το L1C+L8E να είναι το πιο κοινόΗ αλληλουχία ολόκληρου του γονιδιώματος έχει γίνει βασικό εργαλείο για τη μελέτη της εξέλιξής τους και της παθογονικότητάς τους.

2. 12 Μοντέλα επανασυνδυασμού

Με τον αυξανόμενο αριθμό των ανασυνδυασμένων στελεχών, η τυποποίηση που βασίζεται αποκλειστικά στο γονίδιο ORF5 δεν είναι πλέον σε θέση να αντικατοπτρίζει πλήρως και με ακρίβεια τα χαρακτηριστικά του ιού.Αυτή η μελέτη χρησιμοποίησε φυλογενετική ανάλυση βασισμένη σε αλληλουχίες ολόκληρου του γονιδιώματος και συνδυασμένα αποτελέσματα ανασυνδυασμού για την ταξινόμηση στελεχών που μοιάζουν με το NADC30 στη χώρα μουΤελικά, 120 στελέχη με παρόμοια χαρακτηριστικά ανασυνδυασμού ταξινομήθηκαν σε 12 υποτύπους, NADC30-R1 έως R12.68), ενώ η γενετική απόσταση μεταξύ των υποτύπων γενικά ξεπερνούσε το 10%.συμβατό με τα χαρακτηριστικά των στελεχών που μοιάζουν με το NADC30Όσον αφορά τη βιρουλενσία, τα στελέχη σε κάθε ομάδα δεν έδειξαν σημαντική συνέπεια, με τα περισσότερα στελέχη να είναι μέτριας βιρουλενσίας.

Σχήμα 2. Σύστημα ταξινόμησης των NADC30-like PRRSV με βάση τη φυλογενετική ανάλυση και τα πρότυπα ανασυνδυασμού

(Α) Φυλογενετικό δέντρο ολόκληρου του γονιδιώματος, (Β) Χάρτης γονιδιώματος με πρότυπο επανασυνδυασμού

Συμπέρασμα: Αυτή η μελέτη ταξινόμησε τα κινέζικα στελέχη που μοιάζουν με το NADC30 σε 12 τύπους μέσω ανάλυσης ολόκληρου του γονιδιώματος.με μέτρια ιικότητα και σημαντική γενετική διαφορά εντός της ομάδας.

3Αλληλουχίες ολόκληρου του γονιδιώματος από 19 επαρχίες

The results showed that whole-genome sequences of NADC30-like viruses from 19 provinces in my country revealed a gradual increase in the number of strains belonging to the NADC30-R1 to R12 types since 2018Το στέλεχος NADC30-R1 εμφανίστηκε για πρώτη φορά το 2014 και κυκλοφορεί εδώ και πολύ καιρό, με τις πρόσφατες αναφορές να συνεχίζονται.Το στέλεχος NADC30-R2 είναι ο πιο διαδεδομένος NADC30-όπως ο ιός στη χώρα μουΜετά την πρώτη εμφάνισή του το 2020, εξαπλώθηκε γρήγορα, με το ποσοστό ανίχνευσης να αυξάνεται σημαντικά τα τελευταία χρόνια.Αν και τα μοτίβα ανασυνδυασμού των στελεχών που μοιάζουν με το NADC30 είναι περίπλοκα, ορισμένα στελέχη του ίδιου συνδυασμένου τύπου έχουν γίνει διαδεδομένα σε τμήματα της Κίνας.

Σχήμα 3. Γεωγραφική κατανομή και ποσοστό των αλληλουχιών ολόκληρου του γονιδιώματος του PRRSV που μοιάζουν με το NADC30 σε κάθε ομάδα

(Α-Β) Γεωγραφική κατανομή των τύπων στελεχών, (Γ) Κυριαρχία R1/R2

Συμπέρασμα: Μεταξύ των ιών που μοιάζουν με το NADC30 στη χώρα μου, ο αριθμός των στελεχών R1 και R2 αυξάνεται.το ευρέως διαδεδομένο και ταχέως διαδεδομένο στέλεχος R2 παρουσιάζει πολύπλοκα μοτίβα επανασυνδυασμού και συνεχίζει να κυκλοφορεί σε ορισμένες περιοχές.

4. Ποσοστό ανασυνδυασμένων στελεχών

Η επιδημική κατάσταση του NADC30-like PRRSV στη χώρα μου παραμένει περίπλοκη, με τη συνεχή εμφάνιση νέων ανασυνδυασμένων στελεχών που αυξάνουν τη γενετική ποικιλομορφία του ιού.Η NADC30-IR παραμένει η μεγαλύτερη ομάδαΟ αριθμός των αλληλουχιών ολόκληρου του γονιδιώματος στη βάση δεδομένων GenBank αυξάνεται.ενδέχεται να ανακαλυφθούν νέα χαρακτηριστικά στελέχη στο μέλλον, ή μπορούν να επαναταξινομηθούν στους υπάρχοντες τύπους NADC30-R1 έως R12.

Σχήμα 4. Ποσοστό του NADC30-όπως PRRSV με διαφορετικά πρότυπα ανασύνθεσης στην Κίνα

NR: μη ανασυνδυαστικό στέλεχος, IR: στέλεχος με ακανόνιστο πρότυπο ανασυνδυασμού, R1 έως R12: ανασυνδυαστικά στελέχη με σταθερά χαρακτηριστικά.Ο άξονας Χ αντιπροσωπεύει τα κριτήρια ταξινόμησης που χρησιμοποιήθηκαν στην παρούσα μελέτηΟ άξονας Y αντιπροσωπεύει το μέγεθος του δείγματος για κάθε τύπο.

Συμπέρασμα: Η επιδημική κατάσταση του NADC30-like PRRSV στη χώρα μου είναι περίπλοκη, με αυξανόμενη γενετική ποικιλομορφία.Ενδέχεται να εμφανιστούν νέα στελέχη ή να προσαρμοστεί η υπάρχουσα ταξινόμηση καθώς θα είναι διαθέσιμα περισσότερα δεδομένα.

Σύνοψη

Η μελέτη αυτή δείχνει ότι το PRRSV-2 που κυκλοφορεί σήμερα στη χώρα μου αποτελείται κυρίως από τα L1A, L1C, L3.5Η ανασυνδυασμός προάγει τη ποικιλομορφία και την εξέλιξη του ιού,αλλά η ανασύνθεση δεν καθορίζει άμεσα τη ιογένειαΗ ιαιτικότητα συνδέεται με συγκεκριμένα πρότυπα ανασυνδυασμού.