berita perusahaan tentang Harbin Veterinary Research Institute: Prevalensi Saat Ini dari NADC30-seperti dan 12 Model Rekombinan

Pada tahun 2012, galur NADC30 mirip PRRSV pertama kali ditemukan di negara saya. Sejak tahun 2016, galur ini secara bertahap menjadi galur dominan di negara tersebut. Saat ini, galur ini menunjukkan pola rekombinasi yang sangat kompleks, ditandai dengan homologi urutan genom yang rendah. Ia menunjukkan gejala klinis sedang, memiliki sifat imunosupresif yang kuat, dan menginduksi respons antibodi yang lemah, yang menghadirkan karakteristik epidemi baru.

Baru-baru ini, Institut Penelitian Veteriner Harbin dari Akademi Ilmu Pertanian Tiongkok dan Universitas Normal Nanyang menerbitkan sebuah studi daring di Porcine Health Management tentang karakteristik genomik dan tren epidemi NADC30-like PRRSV di negara saya, memberikan dukungan data untuk penelitian epidemiologi terkait serta pencegahan dan pengendalian.

Pendahuluan

Virus sindrom reproduksi dan pernapasan babi (PRRSV) telah menyebabkan kerugian ekonomi yang parah bagi industri babi di negara saya. Pada tahun 2012, NADC30-like PRRSV pertama kali ditemukan di negara saya. Selama bertahun-tahun, tim Tian Zhijun di Institut Penelitian Veteriner Harbin terus memantau situasi epidemi PRRSV di negara saya.

Hasil Penelitian

1. Peningkatan Signifikan dalam Rekombinasi NADC30-like

Penelitian telah menunjukkan bahwa sejak tahun 2016, NADC30-like PRRSV telah menjadi galur dominan di negara saya. Untuk lebih memahami prevalensinya di Tiongkok, para peneliti menggunakan teknologi pengurutan generasi berikutnya untuk mendapatkan urutan seluruh genom dari 30 galur virus. Dikombinasikan dengan urutan dari 224 galur Tiongkok dalam database GenBank, karakteristik genomiknya dianalisis secara sistematis. Hasilnya menunjukkan bahwa jumlah galur rekombinan meningkat dari tahun ke tahun, dan galur non-rekombinan hampir menghilang. Di antaranya, L1C+L8E, L1C+L5A dan L1C+L1A+L8E saat ini adalah tiga jenis rekombinan yang paling umum.

Gambar 1. Epidemiologi dan Rekombinasi NADC30-like PRRSV di Tiongkok

(A) Prevalensi PRRSV di Tiongkok, (B) Tren Temporal Pola Galur Rekombinan

(C) Distribusi Pola Rekombinasi

Kesimpulan: Dalam beberapa tahun terakhir, galur NADC30-like terus mendominasi di negara saya dan telah berpartisipasi secara ekstensif dalam rekombinasi, membentuk berbagai subtipe, dengan L1C+L8E menjadi yang paling umum. Pengurutan seluruh genom telah menjadi alat kunci untuk mempelajari evolusi dan patogenisitasnya.

2. 12 Model Rekombinasi

Dengan meningkatnya jumlah galur rekombinan, pengetikan hanya berdasarkan gen ORF5 tidak lagi mampu mencerminkan karakteristik virus secara penuh dan akurat. Studi ini menggunakan analisis filogenetik berdasarkan urutan seluruh genom dan menggabungkan hasil rekombinasi untuk mengklasifikasikan galur NADC30-like di negara saya. Pada akhirnya, 120 galur dengan karakteristik rekombinasi yang serupa diklasifikasikan menjadi 12 subtipe, NADC30-R1 hingga R12. Jarak genetik rata-rata dalam subtipe adalah 5,73% (standar deviasi ±1,68), sementara jarak genetik antar subtipe umumnya melebihi 10%. Semua galur dalam kelompok yang sama memiliki penghapusan diskontinu dari 131 asam amino dalam protein Nsp2, konsisten dengan karakteristik khas galur NADC30-like. Dalam hal virulensi, galur dalam setiap kelompok tidak menunjukkan konsistensi yang signifikan, dengan sebagian besar galur memiliki virulensi sedang.

Gambar 2. Sistem klasifikasi NADC30-like PRRSV berdasarkan analisis filogenetik dan pola rekombinasi

(A) Pohon filogenetik seluruh genom, (B) Peta genom pola rekombinasi

Kesimpulan: Studi ini mengklasifikasikan galur NADC30-like Tiongkok menjadi 12 jenis melalui analisis seluruh genom. Galur-galur ini ditemukan menunjukkan penghapusan Nsp2 yang khas, dengan virulensi sedang dan variasi genetik yang signifikan dalam kelompok.

3. Urutan seluruh genom dari 19 provinsi

Hasilnya menunjukkan bahwa urutan seluruh genom virus NADC30-like dari 19 provinsi di negara saya mengungkapkan peningkatan bertahap dalam jumlah galur yang termasuk dalam jenis NADC30-R1 hingga R12 sejak tahun 2018, dengan NADC30-R1 dan NADC30-R2 mewakili proporsi yang signifikan. Galur NADC30-R1 pertama kali muncul pada tahun 2014 dan telah beredar untuk waktu yang lama, dengan laporan terbaru masih berlangsung. Galur NADC30-R2 adalah virus NADC30-like yang paling banyak didistribusikan di negara saya, telah menyebar ke setidaknya 12 provinsi dan wilayah. Setelah kemunculan pertamanya pada tahun 2020, ia menyebar dengan cepat, dengan tingkat deteksinya meningkat secara signifikan dalam beberapa tahun terakhir. Meskipun pola rekombinasi galur NADC30-like kompleks, beberapa galur dari jenis rekombinan yang sama telah menjadi lazim di beberapa bagian Tiongkok.

Gambar 3. Distribusi Geografis dan Proporsi Urutan Seluruh Genom NADC30-like PRRSV di Setiap Kelompok

(A-B) Distribusi Geografis Jenis Galur, (C) Dominasi R1/R2

Kesimpulan: Di antara virus NADC30-like di negara saya, jumlah galur R1 dan R2 meningkat. Secara khusus, galur R2 yang menyebar luas dan menyebar dengan cepat menunjukkan pola rekombinasi yang kompleks dan terus beredar di beberapa daerah.

4. Proporsi Galur Rekombinan

Situasi epidemi NADC30-like PRRSV di negara saya tetap kompleks, dengan kemunculan galur rekombinan baru yang terus-menerus meningkatkan keragaman genetik virus. Khususnya, NADC30-IR tetap menjadi kelompok terbesar, dan pola rekombinasi dalam kelompok ini cukup beragam dan kurang memiliki karakteristik yang konsisten. Seiring dengan meningkatnya jumlah urutan seluruh genom dalam database GenBank, galur karakteristik baru dapat ditemukan di masa mendatang, atau mereka dapat diklasifikasikan kembali ke jenis NADC30-R1 hingga R12 yang ada.

Gambar 4. Proporsi NADC30-like PRRSV dengan pola rekombinasi yang berbeda di Tiongkok

NR: galur non-rekombinan; IR: galur dengan pola rekombinasi tidak teratur; R1 hingga R12: galur rekombinan dengan karakteristik yang konsisten. Sumbu X mewakili kriteria klasifikasi yang digunakan dalam studi ini. Sumbu Y mewakili ukuran sampel untuk setiap jenis.

Kesimpulan: Situasi epidemi NADC30-like PRRSV di negara saya kompleks, dengan peningkatan keragaman genetik. NADC30-IR adalah kelompok yang dominan. Galur baru dapat muncul atau klasifikasi yang ada dapat disesuaikan seiring dengan ketersediaan lebih banyak data.

Ringkasan

Studi ini menunjukkan bahwa PRRSV-2 yang saat ini beredar di negara saya terutama terdiri dari sub-garis keturunan L1A, L1C, L3.5, dan L8E, yang mana L1C (NADC30-like) dominan dan sering melakukan rekombinasi. Rekombinasi mempromosikan diversifikasi dan evolusi virus, tetapi rekombinasi tidak secara langsung menentukan virulensi; virulensi terkait dengan pola rekombinasi tertentu.