hakkında şirket haberleri Harbin Veteriner Araştırma Enstitüsü: NADC30 benzeri ve 12 Rekombinant Modelin Mevcut Yaygınlığı

2012'de, PRRSV benzeri NADC30 suşu ilk olarak ülkemde keşfedildi. 2016'dan beri bu suş, ülkede giderek baskın suş haline geldi. Şu anda, bu suş, düşük genom dizisi homolojisi ile karakterize, son derece karmaşık bir rekombinasyon modeli sergiliyor. Orta düzeyde klinik semptomlar gösterir, güçlü immünosupresif özelliklere sahiptir ve zayıf bir antikor yanıtı indükleyerek yeni salgın özellikleri sunar.

Yakın zamanda, Çin Tarım Bilimleri Akademisi'nin Harbin Veterinerlik Araştırma Enstitüsü ve Nanyang Normal Üniversitesi, ülkemdeki NADC30 benzeri PRRSV'nin genomik özellikleri ve salgın eğilimleri üzerine Porcine Health Management'ta çevrimiçi bir çalışma yayınladı ve ilgili epidemiyolojik araştırmalar ile önleme ve kontrol için veri desteği sağladı.

Giriş

Domuzların üreme ve solunum sendromu virüsü (PRRSV), ülkemin domuz endüstrisine ciddi ekonomik kayıplara neden oldu. 2012'de, NADC30 benzeri PRRSV ilk olarak ülkemde keşfedildi. Uzun yıllardır, Harbin Veterinerlik Araştırma Enstitüsü'ndeki Tian Zhijun'un ekibi, ülkemdeki PRRSV'nin salgın durumunu sürekli olarak izlemektedir.

Araştırma Sonuçları

1. NADC30 benzeri Rekombinasyonlarda Önemli Artış

Çalışmalar, 2016'dan beri NADC30 benzeri PRRSV'nin ülkemde baskın suş haline geldiğini göstermiştir. Çin'deki yaygınlığını daha iyi anlamak için, araştırmacılar 30 virüs suşunun tüm genom dizilerini elde etmek için yeni nesil dizileme teknolojisini kullandılar. GenBank veritabanındaki 224 Çin suşundan elde edilen dizilerle birleştirilerek, genomik özellikleri sistematik olarak analiz edildi. Sonuçlar, rekombinant suş sayısının yıldan yıla arttığını ve rekombinant olmayan suşların neredeyse ortadan kalktığını gösterdi. Bunlar arasında, L1C+L8E, L1C+L5A ve L1C+L1A+L8E şu anda en yaygın üç rekombinant tiptir.

Şekil 1. Çin'deki NADC30 benzeri PRRSV'nin Epidemiyolojisi ve Rekombinasyonu

(A) Çin'de PRRSV'nin Yaygınlığı, (B) Rekombinant Suş Modellerinin Zamansal Eğilimleri

(C) Rekombinasyon Modellerinin Dağılımı

Sonuç: Son yıllarda, NADC30 benzeri suşlar ülkemde hakimiyetini sürdürmüş ve yaygın olarak rekombinasyona katılarak, L1C+L8E'nin en yaygın olduğu çoklu alt tipler oluşturmuştur. Tüm genom dizileme, evrimlerini ve patojenitelerini incelemek için önemli bir araç haline gelmiştir.

2. 12 Rekombinasyon Modeli

Rekombinant suş sayısının artmasıyla birlikte, yalnızca ORF5 genine dayalı tip belirleme, viral özellikleri tam ve doğru bir şekilde yansıtamamaktadır. Bu çalışma, tüm genom dizilerine dayalı filogenetik analizler kullanmış ve rekombinasyon sonuçlarını birleştirerek ülkemdeki NADC30 benzeri suşları sınıflandırmıştır. Sonuç olarak, benzer rekombinasyon özelliklerine sahip 120 suş, NADC30-R1'den R12'ye kadar 12 alt tipe ayrılmıştır. Alt tipler içindeki ortalama genetik mesafe %5,73 (standart sapma ±1,68) iken, alt tipler arasındaki genetik mesafe genellikle %10'u aşmıştır. Aynı gruptaki tüm suşlar, Nsp2 proteininde 131 amino asitlik kesintili bir delesyon göstermiş ve bu, NADC30 benzeri suşların tipik özellikleriyle tutarlılık göstermiştir. Virülans açısından, her gruptaki suşlar önemli bir tutarlılık göstermemiş, çoğu suş orta düzeyde virülansa sahip olmuştur.

Şekil 2. Filogenetik analiz ve rekombinasyon modellerine dayalı NADC30 benzeri PRRSV'nin sınıflandırma sistemi

(A) Tüm genom filogenetik ağacı, (B) Rekombinasyon modeli genom haritası

Sonuç: Bu çalışma, Çin NADC30 benzeri suşlarını tüm genom analizi yoluyla 12 tipe ayırmıştır. Bu suşların tipik bir Nsp2 delesyonu, orta düzeyde virülans ve grup içinde önemli genetik varyasyon sergilediği bulunmuştur.

3. 19 ilden tüm genom dizileri

Sonuçlar, ülkemdeki 19 ilden elde edilen NADC30 benzeri virüslerin tüm genom dizilerinin, 2018'den itibaren NADC30-R1'den R12'ye kadar olan tiplere ait suş sayısında kademeli bir artış gösterdiğini ortaya koydu; NADC30-R1 ve NADC30-R2 önemli bir oranda temsil ediliyordu. NADC30-R1 suşu ilk olarak 2014'te ortaya çıktı ve uzun süredir dolaşımda, son raporlar hala devam ediyor. NADC30-R2 suşu, ülkemdeki en yaygın dağılımlı NADC30 benzeri virüstür ve en az 12 il ve bölgeye yayılmıştır. 2020'deki ilk görünümünden sonra hızla yayıldı ve son yıllarda tespit oranı önemli ölçüde arttı. NADC30 benzeri suşların rekombinasyon modelleri karmaşık olmasına rağmen, aynı rekombinant tipe ait bazı suşlar Çin'in bazı bölgelerinde yaygın hale geldi.

Şekil 3. Her Gruptaki NADC30 benzeri PRRSV Tüm Genom Dizilerinin Coğrafi Dağılımı ve Oranı

(A-B) Suş Tiplerinin Coğrafi Dağılımı, (C) R1/R2 Hakimiyeti

Sonuç: Ülkemdeki NADC30 benzeri virüsler arasında, R1 ve R2 suşlarının sayısı artmaktadır. Özellikle, yaygın ve hızla yayılan R2 suşu, karmaşık rekombinasyon modelleri sergilemekte ve bazı bölgelerde dolaşımını sürdürmektedir.

4. Rekombinant Suşların Oranı

Ülkemdeki NADC30 benzeri PRRSV'nin salgın durumu karmaşık olmaya devam ediyor ve yeni rekombinant suşların sürekli ortaya çıkması, virüsün genetik çeşitliliğini artırıyor. Özellikle, NADC30-IR en büyük grup olmaya devam ediyor ve bu grup içindeki rekombinasyon modelleri oldukça çeşitli ve tutarlı özelliklerden yoksun. GenBank veritabanındaki tüm genom dizilerinin sayısı arttıkça, gelecekte yeni karakteristik suşlar keşfedilebilir veya mevcut NADC30-R1'den R12'ye kadar olan tiplere yeniden sınıflandırılabilirler.

Şekil 4. Çin'deki farklı rekombinasyon modellerine sahip NADC30 benzeri PRRSV'nin oranı

NR: rekombinant olmayan suş; IR: düzensiz rekombinasyon modeline sahip suş; R1'den R12'ye: tutarlı özelliklere sahip rekombinant suşlar. X ekseni, bu çalışmada kullanılan sınıflandırma kriterlerini temsil eder. Y ekseni, her tip için örneklem büyüklüğünü temsil eder.

Sonuç: Ülkemdeki NADC30 benzeri PRRSV'nin salgın durumu karmaşıktır ve genetik çeşitlilik artmaktadır. NADC30-IR baskın gruptur. Daha fazla veri elde edildikçe yeni suşlar ortaya çıkabilir veya mevcut sınıflandırma ayarlanabilir.

Özet

Bu çalışma, şu anda ülkemde dolaşımda olan PRRSV-2'nin öncelikle L1A, L1C, L3.5 ve L8E alt soylarından oluştuğunu göstermektedir; bunlardan L1C (NADC30 benzeri) baskındır ve sıklıkla rekombine olur. Rekombinasyon, viral çeşitliliği ve evrimi teşvik eder, ancak rekombinasyon doğrudan virülansı belirlemez; virülans, belirli rekombinasyon modelleriyle ilişkilidir.