Blog Tentang Korea Selatan Uji Sembilan Kit PCR Demam Babi Afrika untuk Keamanan Limbah Makanan

Bayangan Demam Babi Afrika (ASF) menyebar di industri daging babi global dengan kecepatan yang belum pernah terjadi sebelumnya. Penyakit yang sangat menular ini, disebabkan oleh Virus Demam Babi Afrika (ASFV), tidak hanya menghancurkan populasi babi tetapi juga menimbulkan kerugian ekonomi besar pada sektor peternakan di seluruh dunia karena tingkat kematiannya yang mendekati 100% dan penularannya yang cepat. ASFV, virus DNA untai ganda berselubung yang kompleks, telah diklasifikasikan menjadi enam genotipe utama melalui pengurutan genomik tingkat lanjut, dengan gen p72 yang relatif lestari berfungsi sebagai penanda utama untuk diferensiasi.

Dampak ASF meluas jauh melampaui peternakan. Penelitian menunjukkan bahwa ASFV dapat menyebar melalui produk daging babi yang dimasak kurang matang atau terkontaminasi, terutama melalui limbah makanan yang didaur ulang sebagai pakan, menimbulkan risiko infeksi sekunder yang persisten. Sebagai tanggapan, negara-negara seperti Korea Selatan telah menerapkan langkah-langkah ketat, termasuk larangan penggunaan limbah makanan dalam pakan ternak. Oleh karena itu, pengawasan dini ASFV dalam aliran limbah makanan telah menjadi prioritas utama.

Meskipun ada kandidat vaksin eksperimental yang menargetkan penghapusan gen tertentu, belum ada vaksin ASF yang layak secara komersial. Ketiadaan ini menggarisbawahi pentingnya alat diagnostik yang sangat sensitif dan spesifik sebagai dasar strategi pengendalian ASF.

Organisasi Kesehatan Hewan Dunia (WOAH) merekomendasikan tiga metode diagnostik berbasis PCR—satu konvensional dan dua uji PCR real-time—untuk penyaringan sampel ASFV yang dicurigai secara throughput tinggi. Sejak dirilisnya standar WOAH, teknik canggih seperti ELISA, LAMP, PCR multiplex, dan PCR real-time ultra-sensitif telah muncul. Namun, banyak yang masih terbatas pada pengaturan penelitian, dengan kinerja dunia nyata mereka—terutama kit komersial—memerlukan evaluasi yang ketat oleh pengguna akhir dan regulator.

Untuk mengatasi kesenjangan ini, para peneliti secara sistematis mengevaluasi sembilan kit PCR real-time ASFV yang disetujui MAFRA di Korea Selatan. Menggunakan 20 sampel limbah makanan dan kontrol positif ASFV sintetis, studi ini menilai metrik kinerja kritis: spesifisitas, sensitivitas, biaya per reaksi, dan waktu pemrosesan. Hasilnya dibandingkan dengan data sebelumnya untuk memandu pemilihan alat diagnostik yang optimal.

Detail metodologis utama:

• Pemilihan sampel: 20 sampel limbah makanan yang dipilih secara acak dari 5.581 spesimen negatif ASFV yang dikumpulkan antara tahun 2020–2022.
• Protokol keselamatan: Urutan ASFV sintetis (strain HBNH-2019) dan virus referensi (PCV2, PPV, PrV) digunakan untuk menghilangkan risiko biohazard.
• Ekstraksi DNA: Dilakukan menggunakan kit mini QIAamp® DNA setelah homogenisasi sampel 1g.

Dalam kondisi ketat (1000 RFU, ambang batas Cq spesifik kit), sebagian besar kit mendeteksi ASFV pada konsentrasi di bawah 1 fg/µL. Tiga kit dari Median Diagnostics, Ahram Biosystems, dan MiCo Biosystems mencapai sensitivitas luar biasa pada 100 ag/µL. Ketika menerapkan ambang batas Cq yang seragam (<35), empat kit mempertahankan deteksi pada 1 fg/µL, dengan lima masih berfungsi pada 10 fg/µL di bawah kondisi RFU yang ditinggikan (2500).

Temuan yang patut diperhatikan:

• Efisiensi biaya: Enam kit mempertahankan biaya di bawah 10.000 KRW per reaksi.
• Kecepatan: Tiga kit (Ahram Biosystems, MiCo BioMed, Kogene Biotech) menyelesaikan analisis dalam 50–70 menit—1 jam lebih cepat dari protokol WOAH.
• Validasi: Tiga kit berkinerja terbaik (VDx®, Palm PCR™, PowerChek™) menunjukkan hasil yang konsisten di berbagai analis.

Evaluasi komprehensif pertama kit ASFV yang disetujui MAFRA di Korea Selatan ini mengidentifikasi alat yang optimal untuk pengawasan limbah makanan. Kit yang dipilih menggabungkan sensitivitas tinggi (100 ag/µL), keterjangkauan (<10.000 KRW/reaksi), dan pemrosesan cepat (<70 menit)—atribut penting untuk program pemantauan skala besar.

Kendala studi meliputi ketiadaan sampel lapangan dari hewan yang terinfeksi karena masalah biosafety, dan fokus eksklusif pada matriks limbah makanan. Penelitian di masa depan harus memvalidasi temuan ini dengan berbagai jenis sampel, termasuk spesimen klinis dari wabah.