Блог около Южная Корея тестирует девять комплектов ПЦР для защиты от африканской чумы свиней

Тень африканской чумы свиней (АЧС) распространяется по мировой индустрии свиноводства с беспрецедентной скоростью. Это высококонтагиозное заболевание, вызываемое вирусом африканской чумы свиней (ВАЧС), не только опустошает популяции свиней, но и наносит колоссальный экономический ущерб животноводческим секторам по всему миру из-за почти 100% смертности и быстрой передачи.

Влияние АЧС выходит далеко за пределы ферм. Исследования показывают, что ВАЧС может распространяться через недостаточно термически обработанные или загрязненные свиные продукты, особенно через пищевые отходы, перерабатываемые в корм, что создает постоянный риск вторичных инфекций. В ответ страны, такие как Южная Корея, приняли строгие меры, включая запрет на использование пищевых отходов в кормах для животных. Таким образом, раннее выявление ВАЧС в потоках пищевых отходов стало критически важным приоритетом.

Несмотря на экспериментальные вакцины-кандидаты, нацеленные на специфические делеции генов, коммерчески жизнеспособной вакцины против АЧС не существует. Это отсутствие подчеркивает важность высокочувствительных и специфичных диагностических инструментов как основы стратегий борьбы с АЧС.

Всемирная организация здравоохранения животных (ВОЗЖ) рекомендует три метода диагностики на основе ПЦР — один обычный и два ПЦР в реальном времени — для высокопроизводительного скрининга подозрительных образцов ВАЧС. С момента публикации стандартов ВОЗЖ появились передовые методы, такие как ИФА, ЛАМП, мультиплексная ПЦР и ультрачувствительная ПЦР в реальном времени. Однако многие из них остаются ограниченными исследовательскими лабораториями, а их реальная эффективность — особенно коммерческих наборов — требует тщательной оценки конечными пользователями и регулирующими органами.

Чтобы устранить этот пробел, исследователи систематически оценили девять одобренных MAFRA наборов для ПЦР в реальном времени на ВАЧС в Южной Корее. Используя 20 образцов пищевых отходов и синтетические положительные контроли ВАЧС, исследование оценило критические показатели эффективности: специфичность, чувствительность, стоимость одной реакции и время обработки. Результаты были сопоставлены с предыдущими данными для руководства выбором оптимальных диагностических инструментов.

Ключевые детали методологии:

• Выбор образцов: 20 образцов пищевых отходов, случайно отобранных из 5581 образца, отрицательного на ВАЧС, собранных в период с 2020 по 2022 год.
• Протоколы безопасности: Синтетические последовательности ВАЧС (штамм HBNH-2019) и референсные вирусы (PCV2, PPV, PrV) использовались для устранения рисков биологической опасности.
• Выделение ДНК: Проводилось с использованием наборов QIAamp® DNA mini после гомогенизации 1 г образцов.

В строгих условиях (1000 RFU, пороговые значения Cq, специфичные для набора) большинство наборов обнаруживали ВАЧС при концентрациях ниже 1 фг/мкл. Три набора от Median Diagnostics, Ahram Biosystems и MiCo Biosystems достигли исключительной чувствительности на уровне 100 аг/мкл. При применении единого порогового значения Cq (<35) четыре набора сохранили обнаружение на уровне 1 фг/мкл, а пять остались функциональными на уровне 10 фг/мкл при повышенных значениях RFU (2500).

Заметные выводы:

• Экономическая эффективность: Шесть наборов сохранили стоимость ниже 10 000 корейских вон за реакцию.
• Скорость: Три набора (Ahram Biosystems, MiCo BioMed, Kogene Biotech) завершили анализ за 50–70 минут — на 1 час быстрее, чем протоколы ВОЗЖ.
• Валидация: Три лучших набора (VDx®, Palm PCR™, PowerChek™) показали согласованные результаты у нескольких аналитиков.

Эта первая комплексная оценка одобренных MAFRA наборов для ВАЧС в Южной Корее определяет оптимальные инструменты для мониторинга пищевых отходов. Выбранные наборы сочетают высокую чувствительность (100 аг/мкл), доступность (<10 000 корейских вон/реакция) и быструю обработку (<70 минут) — критические атрибуты для крупномасштабных программ мониторинга.

Ограничения исследования включают отсутствие полевых образцов от инфицированных животных из-за проблем биобезопасности и исключительный фокус на матрицах пищевых отходов. Будущие исследования должны подтвердить эти выводы с использованием разнообразных типов образцов, включая клинические образцы из очагов заболевания.