Blog circa La Corea del Sud testa nove kit PCR per la peste suina africana per la sicurezza dei rifiuti alimentari

L'ombra della peste suina africana (PSA) si sta diffondendo nell'industria mondiale del maiale a un ritmo senza precedenti.non solo devasta le popolazioni suine ma infligge anche perdite economiche enormi ai settori zootecnici in tutto il mondo a causa del suo tasso di mortalità vicino al 100% e della rapida trasmissione. L'ASFV, un complesso virus DNA a doppio filamento avvolto, è stato classificato in sei genotipi principali mediante sequenziamento genomico avanzato,con il gene p72 relativamente conservato che funge da marcatore chiave per la differenziazione.

L'impatto dell'ASF si estende ben al di là delle aziende agricole.che presentano un rischio persistente di infezioni secondarieIn risposta, paesi come la Corea del Sud hanno attuato misure severe, tra cui il divieto di utilizzare rifiuti alimentari nel mangime per animali.La sorveglianza precoce dell'ASFV nei flussi di rifiuti alimentari è quindi diventata una priorità fondamentale.

Nonostante i candidati a vaccino sperimentali mirino a delezioni genetiche specifiche, non esiste un vaccino per l'ASF commercialmente praticabile.Questa assenza sottolinea l'importanza di strumenti diagnostici altamente sensibili e specifici come base delle strategie di lotta contro l'ASF.

L'Organizzazione mondiale per la salute degli animali (WOAH) raccomanda tre metodi diagnostici basati sulla PCR, uno convenzionale e due in tempo reale, per lo screening ad elevato rendimento di campioni sospetti di ASFV.Dalla pubblicazione degli standard WOAH, sono emerse tecniche avanzate come ELISA, LAMP, PCR multiplex e PCR in tempo reale ultra-sensibile.Per quanto riguarda i kit commerciali, la Commissione ritiene che la loro efficacia sia in linea con le esigenze del mondo reale, in particolare per i kit commerciali, che richiedono una valutazione rigorosa da parte degli utenti finali e dei regolatori..

Per colmare questo divario, i ricercatori hanno valutato sistematicamente nove kit di PCR in tempo reale per l'ASFV approvati da MAFRA in Corea del Sud.lo studio ha valutato le metriche critiche del rendimentoI risultati sono stati confrontati con dati precedenti per guidare la selezione di strumenti diagnostici ottimali.

Principali dettagli metodologici:

• Selezione del campione:20 campioni di rifiuti alimentari selezionati in modo casuale da 5.581 campioni negativi per ASFV raccolti tra il 2020 e il 2022.
• Protocolli di sicurezza:Sono state utilizzate sequenze sintetiche di ASFV (stamina HBNH-2019) e virus di riferimento (PCV2, PPV, PrV) per eliminare i rischi biologici.
• Estrazione del DNA:Eseguito utilizzando mini kit di DNA QIAamp® dopo l'omogeneizzazione di campioni da 1 g.

In condizioni rigorose (1000 RFU, soglie Cq specifiche per il kit), la maggior parte dei kit ha rilevato ASFV a concentrazioni inferiori a 1 fg/μL.e MiCo Biosystems hanno raggiunto una sensibilità eccezionale a 100 ag/μLQuando è stata applicata una soglia unificata di Cq (< 35), quattro kit hanno mantenuto la rilevazione a 1 fg/μl, con cinque ancora funzionali a 10 fg/μl in condizioni elevate di RFU (2500).

Risultati degni di nota:

• Efficienza dei costi:Sei kit hanno mantenuto i costi al di sotto di 10.000 KRW per reazione.
• Velocità:Tre kit (Ahram Biosystems, MiCo BioMed, Kogene Biotech) hanno completato le analisi in 50 ¢ 70 minuti ¢ 1 ora più velocemente dei protocolli WOAH.
• Validazione:Tre kit con le migliori prestazioni (VDx®, Palm PCRTM, PowerChekTM) hanno mostrato risultati coerenti su più analisti.

Questa prima valutazione completa dei kit ASFV approvati dal MAFRA in Corea del Sud identifica gli strumenti ottimali per la sorveglianza dei rifiuti alimentari.accessibilità economica (<10,000 KRW/reazione) e un'elaborazione rapida (<70 minuti) sono attributi critici per programmi di monitoraggio su larga scala.

I vincoli dello studio comprendono l'assenza di campioni sul campo da animali infetti a causa di problemi di biosicurezza e l'attenzione esclusiva sulle matrici dei rifiuti alimentari.Le ricerche future dovrebbero convalidare questi risultati con diversi tipi di campioni, compresi i campioni clinici di focolai.