Blog Hakkında Güney Kore, Gıda Atığı Güvenliği İçin Dokuz Afrika Domuz Ateşi PCR Kitini Test Etti

Afrika Domuz Gribi'nin (ADG) gölgesi, küresel domuz endüstrisinde benzeri görülmemiş bir hızla yayılıyor. Afrika Domuz Gribi Virüsü (ASFV) tarafından neden olunan bu son derece bulaşıcı hastalık, yalnızca domuz popülasyonlarını yok etmekle kalmaz, aynı zamanda neredeyse %100 ölüm oranı ve hızlı bulaşması nedeniyle dünya çapında hayvancılık sektörlerine büyük ekonomik kayıplar yaşatır. Karmaşık, zarflı, çift sarmallı bir DNA virüsü olan ASFV, gelişmiş genomik dizileme yoluyla altı ana genotip olarak sınıflandırılmıştır ve nispeten korunmuş p72 geni, farklılaştırma için önemli bir işaretleyici olarak hizmet eder.

ADG'nin etkisi çiftliklerin çok ötesine uzanır. Araştırmalar, ASFV'nin az pişmiş veya kontamine domuz ürünleri aracılığıyla, özellikle yem olarak geri dönüştürülen gıda atıkları yoluyla yayılabileceğini ve ikincil enfeksiyon riski oluşturduğunu göstermektedir. Buna yanıt olarak, Güney Kore gibi ülkeler, hayvan yeminde gıda atıklarının kullanımını yasaklamak da dahil olmak üzere sıkı önlemler uygulamıştır. Bu nedenle, gıda atığı akışlarındaki ASFV'nin erken gözetimi kritik bir öncelik haline gelmiştir.

Belirli gen delesyonlarını hedefleyen deneysel aşı adaylarına rağmen, ticari olarak uygulanabilir bir ADG aşısı bulunmamaktadır. Bu eksiklik, ADG kontrol stratejilerinin temeli olarak yüksek hassasiyetli ve özgül teşhis araçlarının önemini vurgulamaktadır.

Dünya Hayvan Sağlığı Örgütü (WOAH), şüpheli ASFV örneklerinin yüksek verimli taranması için üç PCR tabanlı teşhis yöntemi önermektedir: biri geleneksel ve ikisi gerçek zamanlı PCR analizleri. WOAH standartlarının yayınlanmasından bu yana, ELISA, LAMP, multiplex PCR ve ultra hassas gerçek zamanlı PCR gibi gelişmiş teknikler ortaya çıkmıştır. Ancak, bunların çoğu araştırma ortamlarında kalmaktadır ve gerçek dünya performansları, özellikle ticari kitlerin performansı, son kullanıcılar ve düzenleyiciler tarafından titizlikle değerlendirilmelidir.

Bu boşluğu gidermek için araştırmacılar, Güney Kore'de MAFRA onaylı dokuz ASFV gerçek zamanlı PCR kitini sistematik olarak değerlendirdiler. 20 gıda atığı örneği ve sentetik ASFV pozitif kontrolleri kullanılarak yapılan çalışmada, özgüllük, hassasiyet, reaksiyon başına maliyet ve işlem süresi gibi kritik performans metrikleri değerlendirildi. Optimal teşhis araçlarının seçimine rehberlik etmek için sonuçlar önceki verilerle karşılaştırıldı.

Temel metodolojik detaylar:

• Örnek seçimi: 2020-2022 yılları arasında toplanan 5.581 ASFV-negatif örneğinden rastgele seçilen 20 gıda atığı örneği.
• Güvenlik protokolleri: Biyo-tehlike risklerini ortadan kaldırmak için sentetik ASFV dizileri (HBNH-2019 suşu) ve referans virüsleri (PCV2, PPV, PrV) kullanıldı.
• DNA ekstraksiyonu: 1 gr örneklerin homojenizasyonundan sonra QIAamp® DNA mini kitleri kullanılarak gerçekleştirildi.

Sıkı koşullar altında (1000 RFU, kide özgü Cq eşikleri), çoğu kit ASFV'yi 1 fg/µL'nin altındaki konsantrasyonlarda tespit etti. Median Diagnostics, Ahram Biosystems ve MiCo Biosystems'ten üç kit, 100 ag/µL'de olağanüstü hassasiyet elde etti. Birleşik bir Cq eşiği (<35) uygulandığında, dört kit 1 fg/µL'de tespitini sürdürdü ve beş kit, artırılmış RFU (2500) koşulları altında 10 fg/µL'de hala işlevseldi.

Dikkat çekici bulgular:

• Maliyet etkinliği: Altı kit, reaksiyon başına maliyeti 10.000 KRW'nin altında tuttu.
• Hız: Üç kit (Ahram Biosystems, MiCo BioMed, Kogene Biotech), analizleri 50-70 dakikada tamamladı; bu, WOAH protokollerinden 1 saat daha hızlıdır.
• Doğrulama: En iyi performans gösteren üç kit (VDx®, Palm PCR™, PowerChek™), birden fazla analistte tutarlı sonuçlar gösterdi.

Güney Kore'deki MAFRA onaylı ASFV kitlerinin bu ilk kapsamlı değerlendirmesi, gıda atığı gözetimi için en uygun araçları belirlemektedir. Seçilen kitler, yüksek hassasiyet (100 ag/µL), uygun fiyat (<10.000 KRW/reaksiyon) ve hızlı işlem (<70 dakika) gibi büyük ölçekli izleme programları için kritik özellikler bir araya getirir.

Çalışma kısıtlamaları arasında, biyogüvenlik endişeleri nedeniyle enfekte hayvanlardan saha örneklerinin bulunmaması ve yalnızca gıda atığı matrislerine odaklanılması yer almaktadır. Gelecekteki araştırmalar, salgınlardan elde edilen klinik örnekler de dahil olmak üzere çeşitli örnek türleriyle bu bulguları doğrulamalıdır.