berita perusahaan tentang [Penelitian Terbaru] Analisis Komprehensif Karakteristik Molekuler dan Epitop Antigenik Diare Epidemik Babi

Pada tanggal 8 Oktober 2025, sebuah tim peneliti dari Institut Zoonosis di Universitas Jilin dan Kelompok Riset Xinjiang menerbitkan sebuah studi baru tentang virus diare epidemik babi (PEDV) di *Frontiers in Veterinary Science*, yang secara sistematis mengungkapkan tren epidemi, karakteristik molekuler, dan perubahan epitop antigenik PEDV di Tiongkok dari tahun 2022 hingga 2025.

Sorotan Penelitian

* Meliputi 20 provinsi di seluruh Tiongkok, total 2346 sampel diuji, dengan tingkat positivitas PEDV sebesar 43,3%.

* Genotipe menunjukkan bahwa G2c telah menjadi subtipe utama saat ini.

* Beberapa mutasi ditemukan pada epitop penetral kunci dari protein S (COE, SS2, SS6, 2C10).

* Situs N-glikosilasi potensial baru (posisi 302) ditemukan untuk pertama kalinya pada strain Xinjiang.

* Tujuh epitop antigenik linier dan dua konformasi diprediksi, memberikan target baru untuk pengembangan vaksin.

Studi ini menunjukkan bahwa dibandingkan dengan strain vaksin klasik CV777, strain yang beredar saat ini hanya berbagi kesamaan nukleotida dan asam amino sebesar 92,71%-94,99% pada protein S, yang menunjukkan bahwa efektivitas perlindungan vaksin yang ada mungkin melemah. Mutasi virus yang berkelanjutan di wilayah antigenik kunci dapat memperburuk pelarian kekebalan.

Pendahuluan

PEDV adalah koronavirus signifikan yang mengancam industri babi global, menyebabkan diare, muntah, dan dehidrasi pada babi dari segala usia, dengan tingkat kematian yang sangat tinggi pada anak babi yang menyusu. Sejak munculnya varian yang sangat patogen pada tahun 2010, pencegahan dan pengendalian epidemi di Tiongkok telah menghadapi tantangan terus-menerus.

Penelitian terbaru ini, yang diselesaikan oleh Profesor Mo Xiaobing dan Peneliti Li Tianzeng dari Universitas Jilin bekerja sama dengan tim peneliti di Xinjiang, menawarkan ukuran sampel yang besar, cakupan yang luas, dan analisis mekanistik yang mendalam. Ini merupakan pencapaian signifikan di bidang penelitian PEDV pada tahun 2025 dan memiliki kredibilitas akademis yang tinggi.

Hasil Penelitian

1. Tren Epidemiologi:

Tingkat positivitas PEDV secara keseluruhan di Tiongkok dari tahun 2022 hingga 2025 adalah 43,3%, dengan enam provinsi termasuk Liaoning, Anhui, dan Guangxi memiliki tingkat positivitas melebihi 60%. Xinjiang, Tiongkok Selatan, dan Tiongkok Timur Laut adalah wilayah dengan insiden tinggi.

Gambar 1. Infeksi virus diare epidemik babi (PEDV) dan distribusi geografisnya pada pasien yang meninggal karena diare.

(A) Grafik batang menunjukkan tingkat positivitas PEDV di setiap provinsi, dan grafik garis menunjukkan batas atas dan bawah dari interval kepercayaan 95%. (B) Distribusi geografis PEDV. Warna dari hijau ke merah menunjukkan peningkatan tingkat positivitas.

2. Karakteristik Genotipik:

Dari 15 strain yang diurutkan, 1 adalah subtipe G1c, 4 adalah subtipe G2b, dan 10 adalah subtipe G2c, yang mengkonfirmasi bahwa G2c telah menjadi subtipe dominan.

Gambar 2. Pohon filogenetik dari gen S PEDV

Pentagram merah mewakili urutan yang diperoleh dalam penelitian ini. Warna yang berbeda mewakili genotipe yang berbeda.

3. Variasi Urutan:

Homologi nukleotida dan asam amino dari gen S dari strain yang diurutkan dan strain vaksin klasik CV777 hanya 92,71%-94,83% dan 92,89%-94,99%, secara berturut-turut. Berbagai tingkat mutasi diamati pada epitop penetral kunci (COE, SS2, SS6, 2C10).

Gambar 3. Perbandingan epitop antigenik kunci dari protein S PEDV

Wilayah hijau, oranye, biru, dan kuning sesuai dengan epitop antigenik COE, SS2, SS6, dan 2C10, secara berturut-turut.

4. Epitop Antigenik dan Karakteristik Glikosilasi:

Tujuh wilayah antigenik yang dilestarikan, termasuk 31-54aa, diprediksi. Situs N-glikosilasi baru pada posisi 302 (NKTI) ditemukan pada strain PEDV/XinJiang/2. Tidak adanya situs glikosilasi pada beberapa strain mungkin terkait dengan pelarian kekebalan.

Gambar 4. Hasil prediksi situs N-glikosilasi spesifik potensial pada protein S dari 15 strain PEDV dan strain vaksin.

Sumbu vertikal mewakili nama strain, dan sumbu horizontal mewakili situs asam amino. Area biru menunjukkan N-glikosilasi identik pada situs asam amino yang sama, dan area merah menunjukkan perbedaan.

Gambar 5. Visualisasi wilayah yang dilestarikan dari epitop kontinu dalam keadaan trimer asli dari protein S.

(A) Penyelarasan urutan asam amino dari strain yang diurutkan dan strain vaksin di wilayah epitop yang diprediksi. (B–E) Visualisasi epitop antigenik yang dilestarikan. Wilayah biru, hijau, dan putih mewakili rantai A, B, dan C dari trimer protein S, secara berturut-turut. Bola kuning menunjukkan wilayah epitop antigenik potensial dengan skor lebih besar dari 0,7. (F) Tampilan yang diperbesar dari situs asam amino kunci pada monomer protein S, di mana area merah mewakili situs asam amino kunci pada monomer protein S.

Gambar 6. Visualisasi wilayah yang dilestarikan dari epitop kontinu dalam keadaan trimer asli dari protein S.

(A) Penyelarasan urutan asam amino dari strain yang diurutkan dan vaksin di wilayah epitop yang diprediksi. (B–E) Visualisasi epitop antigenik yang dilestarikan. Wilayah biru, hijau, dan putih mewakili rantai A, B, dan C dari trimer protein S, secara berturut-turut. Bola kuning menunjukkan wilayah epitop antigenik potensial dengan skor lebih besar dari 0,7. (F) Tampilan yang diperbesar dari situs asam amino kunci pada monomer protein S, dengan area merah mewakili situs asam amino kunci pada monomer protein S.

Ringkasan

Studi ini tidak hanya memperbarui peta epidemiologi molekuler PEDV di Tiongkok dari tahun 2022 hingga 2025, tetapi juga mengungkapkan tren variasi epitop antigenik kunci dan mekanisme pelarian kekebalan.

Hasilnya menunjukkan bahwa strain vaksin yang ada (seperti CV777) berbeda secara signifikan dari strain yang beredar, yang menunjukkan perlunya mengembangkan vaksin generasi berikutnya berdasarkan genotipe G2c untuk mengatasi tantangan pencegahan dan pengendalian yang ditimbulkan oleh evolusi virus yang berkelanjutan.